Protoplazma kelimesi, Yunanca "ilk" anlamına gelen "protos" ve "oluşan" anlamına gelen "plazma" kelimelerinden türetilmiştir. Protoplazma yaşamın fiziksel temeli olarak kabul edilir. Bir hücrenin protoplazması, çekirdek, hücre zarı ve sitoplazmadan oluşur. Bu nedenle, sitoplazma bir hücrenin protoplazmasının bir parçasıdır. Sitoplazma protoplazmadan farklı değil, bir parçasıdır. Sitoplazma ve protoplazma hücre süspansiyonlarıdır ve biyolojik süreçlerin gerçekleşmesi için bir yer sağlar. Protoplazma her taraftan bir plazma membranı veya hücre zarı ile bağlanırken, sitoplazma bir hücre içindeki çekirdeği çevreleyen mevcut maddedir.
Sitoplazma sitosol, organeller ve inklüzyonlardan oluşur, protoplazma ise sitoplazma, çekirdek ve hücresel zardan oluşur. Sitoplazmanın sitosolü su, tuzlar ve organik moleküllerden oluşur. Organeller, önceden tanımlanmış ve spesifik fonksiyonları olan bir hücre içinde bulunan küçük organ benzeri yapılardır. Kapsamalar sitoplazmada bulunan çözünmeyen partiküllerdir.
Protoplazma, hücrenin içindeki canlı madde olarak kabul edilir. Kıvamında yarı sıvı olan ve esas olarak nükleik asitler, proteinler, lipitler, karbonhidratlar ve inorganik tuzlardan oluşan karmaşık, yarı saydam bir maddedir..
Sitoplazma ve protoplazma arasındaki temel fark, sitoplazmanın bir çekirdeğe sahip olmaması, protoplazmanın bir çekirdeğe sahip olmasıdır. Sitoplazma, esas olarak su ve proteinler, gıda rezervleri ve metabolik atıklar gibi diğer maddelerden oluşan protoplazmanın bir organelidir..
Protoplazma, birçok biyolojik ve kimyasal hücresel işlemin gerçekleştiği jöle benzeri kıvamda viskoz, viskoz bir maddedir. Bir çekirdeğin bulunduğu organizmalarda, çekirdeği çevreleyen protoplazma sitoplazma olarak adlandırılır. Hücrenin tüm içeriği, prokaryotlarda (çekirdeği olmayan organizmalar) sitoplazmada düşünülürken ökaryot organizmalarında, çekirdekte bulunan hücresel içerikler, belirli bir nükleer zar tarafından sitoplazmadan ayrılır. Çekirdeğin içinde bulunan içeriklere nükleoplazm denir.
Protoplazmayı oluşturan inorganik maddeler büyük ölçüde su, mineral tuzları ve gazlardır.
Sitoplazmada bulunan organeller golgi gövdesi, mitokondri, endoplazmik retikulum ve ribozomlardır. Bu organellerin çok spesifik ve farklı fonksiyonları vardır. Mitokondriler hücresel solunum fonksiyonuna sahipken, ribozomlar protein sentezi bölgeleri olarak işlev görür. Sitoplazmada meydana gelen diğer önemli fonksiyonlar glikoliz ve hücre bölünmesi süreçleridir. Protoplazma, hücrenin yaşamı için gerekli tüm önemli süreçlerin protoplazmada yer alması nedeniyle hücrenin canlı bir parçası olarak kabul edilir. Protoplazmanın ayrıca yarı saydam, viskoz ve sulu bir madde olduğu için organizmaya şekil verdiği söylenir. Canlı protoplazma uyaranlara cevap verir ve boşaltım ürünlerinden de kurtulur.
Protoplazma ve sitoplazma arasındaki fark çok azdır. Protoplazma hücre zarı, sitoplazma ve hücre çekirdeğini içeren hücrenin içeriğidir, oysa sitoplazma hücre zarı içindeki çekirdeği çevreleyen jöle benzeri maddedir. Sitoplazma, mitokondri, ribozomlar vb. Gibi hücre organellerini içerir. İyi tanımlanmış bir çekirdeğin bulunmadığı prokaryotlarda, sitoplazma aynı zamanda nükleoplazm görevi görür ve kromatin içerir.