BLAST ve FastA Arasındaki Fark

temel fark BLAST ve FastA arasında BLAST, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi web sitesinde bulunan temel bir hizalama aracıdır, FastA ise Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü web sitesinde bulunan benzerlik arama aracıdır..

BLAST ve FastA, DNA, amino asitler, proteinler ve farklı türlerin nükleotitlerinin biyolojik dizilerini karşılaştırmak ve benzerliklerini aramak için yaygın olarak kullanılan iki yazılımdır. Bu algoritmalar hızı akılda tutarak yazılmıştır. Çünkü, bilim adamları 1980'lerin ortalarında laboratuvarda DNA'yı izole edebildiklerinde, yüksek hızda daha fazla araştırma için özdeş genleri karşılaştırma ve bulma ihtiyacını artırdılar. Bu nedenle, bu iki yazılım, kullanıcının sorgu dizileriyle benzer dizileri hızlı bir şekilde arayabilecek şekilde geliştirilmiştir..

BLAST, Temel Yerel Hizalama Arama Aracı ve iki dizinin karşılaştırılmasında yerelleştirilmiş yaklaşımı kullanır. FastA, A'nın Herkes anlamına geldiği Fast A'ya atıfta bulunan bir yazılımdır. Burada, yazılım DNA dizilemesi için Fast A ve protein için Fast P gibi alfabe ile çalışır. Hem BLAST hem de FastA, herhangi bir genom veritabanını karşılaştırmada çok hızlıdır ve bu nedenle, parasal olarak ve aynı zamanda zaman tasarrufu sağlar.

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. BLAST nedir
3. FastA nedir
4. BLAST ve FastA Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Şeklinde BLAST vs FastA
6. Özet

BLAST nedir?

BLAST, 1990 yılında geliştirilen en yaygın kullanılan biyoinformatik yazılımlarından biridir. O zamandan beri NCBI sahasındaki herkes tarafından kullanılabilir. Ayrıca, herhangi bir kişi bu yazılıma erişebilir ve onu kullanabilir. Ayrıca, BLAST, FastA formatında giriş verisi veya sekansı gerektiren bir yazılımdır. Ancak, çıktı verilerini düz metin, HTML veya XML biçiminde verir. BLAST, iki dizi arasındaki yerelleştirilmiş benzerlikleri arama ilkesi üzerinde çalışır ve benzer dizileri kısa listeler ve bundan sonra mahalle benzerliklerini arar..

Şekil 01: BLAST Sonuçları

Bu nedenle, bu yazılım çok sayıda benzer yerel bölge arar ve bir eşik değerine ulaşmada sonuç verir. Bununla birlikte, bu işlem ilk önce tüm diziyi araştıran ve daha sonra karşılaştırmayı yapan ve bu nedenle çok zaman alan önceki yazılımdan farklıdır..

Yukarıdaki benzerlik kontrolünün yanı sıra BLAST, DNA haritalaması, farklı türlerdeki iki özdeş genin karşılaştırılması, bir filogenetik ağaç vb..

FastA nedir?

FastA, bir protein dizisi hizalama yazılımıdır. David J. Lipman ve William R. Pearson bu yazılımı 1985'te tarif ettiler. Bu yazılımın ilk kullanımı sadece protein dizilerini karşılaştırmak olsa da, değiştirilmiş versiyonu DNA dizilerini de karşılaştırabildi. Burada, bu yazılım iki dizi arasındaki benzerliği istatistiksel olarak bulma ilkesini kullanmaktadır. DNA veya proteinin bir sekansını lokal sekans hizalama yöntemi ile başka bir sekansla eşleştirir..

Resim 02: FastA

Bununla birlikte, yerel bölgeleri benzerlik arar, ancak iki dizi arasındaki en uygun eşleşmeyi araştırmaz. Bu yazılım zaman zaman yerelleştirilmiş benzerlikleri karşılaştırdığından, uyumsuzluklar da ortaya çıkarabilir. Bir sekansta, FastA, t-tuples olarak bilinen küçük bir parçayı alır; burada tupler 1 ila 6 arasında olabilir ve diğer sekansın k-tupelleriyle eşleşir. Eşleştirme işleminin sonunda, bir eşik değerine ulaştığında, sonucu üretir.

BLAST ve FastA Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• BLAST ve FastA, benzerlikler için protein ve DNA dizilerini karşılaştırmak için kullanılan biyoinformatik araçlardır.
• Ayrıca, her iki program da diziler arasında karşılaştırma yapmak için bir puanlama stratejisi kullanır.
• Ayrıca, her iki araç da son derece hassas sonuçlar verir.

BLAST ve FastA Arasındaki Fark Nedir??

BLAST, biyolojik diziler arasındaki benzerliği kontrol etmek için bir araçtır. Diğer yandan FastA, protein ve DNA dizilerinin benzerlik kontrolünü kolaylaştıran başka bir programdır. Bununla birlikte, FastA ile karşılaştırıldığında, BLAST yazılımı daha doğru ve hızlı sonuçlar ürettiği için çok popülerdir. Dolayısıyla BLAST ve FastA arasındaki fark budur. Ayrıca, FastA'nın aksine, BLAST programı kullanıcının ihtiyacına göre değiştirilebilir. Bu nedenle, bu BLAST ve FastA arasındaki başka bir farktır.

BLAST ve FastA arasındaki farkla ilgili aşağıdaki Infographic daha fazla ayrıntı sunuyor.

Özet - BLAST vs FastA

BLAST ve FastA, kullanıcının sorgu dizisini mevcut veritabanlarındaki dizilerle karşılaştırmasına ve benzerlikleri kontrol etmesine izin veren iki programdır. FastA'nın ilk amacı sadece protein dizilerini karşılaştırmaktı. Ancak, bu yazılımın değiştirilmiş versiyonu hem protein hem de DNA dizisi karşılaştırmalarını kolaylaştırır. FastA iyi bir yazılım olmasına rağmen, çoğu insan daha popüler olduğu ve FastA'dan daha doğru ve hızlı sonuçlar ürettiği için BLAST hizalama aracını kullanır. Ayrıca, BLAST aleti kullanıcı gereksinimlerine göre değiştirilebilir. Kısacası, bu BLAST ve FastA arasındaki farkı özetler.

Referans:

1- Madden, Thomas. “BLAST Sekans Analiz Aracı.” Güncel Nöroloji ve Sinirbilim Raporları., ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi, 15 Mart 2013. Buradan ulaşılabilir 

Görünüm inceliği:

1. ”CCDC132 Patlama Sonuçları” NCBI Blast - NCBI Blast, (Public Domain) Commons Wikimedia üzerinden  
2. ”FAM149A Destekleyici bölge (FASTA biçimi)” LarsonGCD tarafından - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması, (CC BY-SA 3.0)