CDNA ve Genomic Kütüphanesi Arasındaki Fark

Temel Fark - cDNA ve Genomic Kütüphanesi
 

Genetik mühendisliği teknikleri kullanılarak bilim adamları tarafından inşa edilen iki ana tip DNA kütüphanesi vardır. Bunlar cDNA kütüphanesi ve Genomic kütüphanesidir. temel fark cDNA ve Genomic kütüphanesi arasında cDNA kütüphanesi bir organizmanın toplam mRNA'sının klonlanmış tamamlayıcı DNA'sını içerirken, genomik DNA kütüphanesi bir organizmanın tüm genomunun klonlanmış fragmanlarını içerir. Genomik DNA kütüphanesi cDNA kütüphanesinden daha büyüktür.

İÇİNDEKİLER
1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. cDNA Kütüphanesi nedir
3. Genomik Kütüphane Nedir
4. Yan Yana Karşılaştırma - cDNA vs Genomic Library
5. Özet

Genomik Kütüphane Nedir?

Bir genomik DNA kütüphanesi, bir organizmanın toplam genomik DNA'sının fragmanlarını taşıyan bir klon koleksiyonudur. Kodlama ve kodlamayan diziler dahil, bu organizmanın tüm genomik DNA'sını içerir. Bir genomik kütüphanenin yapımı, rekombinant DNA teknolojisi ve ardından klonlama (genetik mühendisliği) ile gerçekleştirilir. Şekil 01'de gösterildiği gibi yapıya dahil olan farklı adımlar vardır. İşlem genomik DNA izolasyonu ile başlar. Uygun bir DNA ekstraksiyon protokolü kullanılarak bir organizmanın toplam genomik DNA'sı izole edilmelidir. Daha sonra DNA, sınırlama endonükleazları (DNA kesme enzimleri) ile yönetilebilir boyutlara veya spesifik fragmanlara dönüştürülmelidir. Parçalanmış DNA, DNA ligazları (DNA birleştirme enzimleri) kullanılarak vektörlere eklenmelidir. Vektör kendi kendini kopyalayan bir organizmadır. Plazmidler ve bakteriyofajlar rekombinant DNA teknolojisinde yaygın olarak kullanılan vektörlerdir. Bu bağlanmış vektörler, hem kendi hem de sokulmuş DNA dizilerini taşıdıkları için rekombinant DNA molekülleri olarak bilinir. Bir konakçı bakteriye rekombinant vektörler eklenir ve rekombinant vektörlerin bakteri hücresi içine alınması için yapılır. Rekombinant vektörleri (plazmidler) olan bakteriler, bir kültür ortamında büyütülmelidir. Bakteri çoğalması sırasında, bakteriyel DNA, rekombinant plazmidlerle birlikte, genomlarını çoğaltır ve klonlar üretir. Bu klonlar kaynak organizmanın tüm genomunu içerir. Bu nedenle buna genomik kütüphane denir. Plazmidler, bu organizmanın genomik kütüphanesini oluşturmak için bakteriyel kromozomal DNA'dan kolayca ayrılabilir. Belirli bir organizma ilgilenen genleri içeriyorsa, moleküler problar (markerler) kullanılarak hibridizasyon yoluyla genomik kütüphanede tespit edilmesi kolaydır..

Genomik kütüphaneler, genomik yapı ve fonksiyon, spesifik genler, gen lokasyonu, gen haritalama, mutasyonlar, gen dizileme, yeni terapötik genlerin tanımlanması vb..

Figure_1: Bir genomik kütüphane yapımı

CDNA kütüphanesi nedir?

Bir cDNA kütüphanesi, bir organizmanın toplam mRNA'sından sentezlenen tamamlayıcı DNA (cDNA) klonlarının bir koleksiyonudur. İnşaat prosedürü farklı adımlar içerir. Toplam mRNA'nın bir organizmadan saflaştırılması ilk aşamadır. İzole edilmiş mRNA, ters transkripsiyon adı verilen bir işlemle cDNA ipliklerine dönüştürülür. Ters transkripsiyon, ters transkriptaz adı verilen bir enzim ile kolaylaştırılır. Küçük bir 3 'primeri kullanır ve şablon mRNA ipliğini tamamlayıcı birinci cDNA ipliğinin sentezini başlatır. Ortaya çıkan çift sarmallı cDNA, sınırlama endonükleazları kullanılarak daha küçük parçalara dönüştürülür ve uygun vektörlere eklenir. Bu yapılandırılmış rekombinant moleküller daha sonra bir konakçı organizmaya ilave edilir ve klonlar üretmek için bir kültür ortamında büyütülür. Bir organizmanın cDNA fragmanlarını içeren klonların toplanması bir cDNA kütüphanesi olarak bilinir. Tamamen dilimlenmiş olgun mRNA, intronlar ve düzenleyici bölgeler içermez. Bu nedenle kodlayıcı olmayan fragmanlar, bir genomik kütüphaneden farklı olarak cDNA kütüphanelerinde mevcut değildir.

cDNA kütüphaneleri kodlama bölgelerinin, gen fonksiyonlarının, genlerin ekspresyonunun vb. analizi için önemlidir..

Figure_2: Bir cDNA kütüphanesinin oluşturulması

CDNA ve Genomic Library arasındaki fark nedir?

cDNA ve Genomic Kütüphanesi
cDNA kütüphanesi, tamamlayıcı DNA'yı bir organizmanın mRNA'sına taşıyan klonların bir koleksiyonudur	Genomik kütüphane, bir organizmanın toplam genomik DNA'sını taşıyan klonların bir koleksiyonudur.
Kodlama ve Kodlama Dışı Diziler
cDNA kütüphanesi sadece kodlama dizilerini içerir; intron içermez.	Genomik kütüphane, kodlamayan (intronlar ve düzenleyici) DNA dahil olmak üzere tüm genomik DNA'dan oluşur.
Boyut
cDNA kütüphanesi küçük.	Genomik kütüphane büyük.
Başlangıç ​​Materyali
Başlangıç ​​malzemesi mRNA'dır	Başlangıç ​​materyali DNA'dır.
Ters Transkripsiyonun Dahil Edilmesi.
Ters transkripsiyon, ilk cDNA dizisi sentezinde olur.	Ters transkripsiyon gerçekleşmez.

Özet - cDNA ve Genomik Kütüphanesi

Genomik kütüphane, bir organizmanın parçalanmış toplam genomik DNA'sını taşıyan bir klon popülasyonunu temsil eder. cDNA kütüphanesi, bir organizmanın toplam mRNA'sının tamamlayıcı DNA'sını taşıyan klon popülasyonunu temsil eder. Bir cDNA klonu sadece mRNA'da bulunan dizileri içerirken, genomik klon tüm genomun dizilerini içerir. Bu cDNA ve genomik kütüphane arasındaki farktır.

Referans:
1. Haneef, Deena T KochunniJazir. “Genomic ve cDNA Library arasındaki fark.” Genomik ve cDNA Kütüphanesi arasındaki fark. N.p., n.d. Ağ. 15 Şubat 2017
2. Stekel, Dov J., Yoav Git ve Francesco Falciani. “Çoklu cDNA Kütüphanelerinden Gen İfadesinin Karşılaştırılması.” Genom Araştırmaları. Cold Spring Harbor Laboratuvarı Yayınları, Aralık 2000. Web. 16 Şub. 2017
3. “Escherichia coli'de n-Butanol Toleransında Yer Alan Genler için Genomik Kütüphane Ekranları.” Escherichia coli'de n-Butanol Toleransında Yer Alan Genler için Genomik Kütüphane Ekranları. N.p., n.d. Ağ. 16 Şub. 2017

Görünüm inceliği:
1. “cDNA Kütüphanesinin Oluşumu” Commons Wikimedia üzerinden İngilizce Wikipedia'da (CC BY-SA 3.0) PhD Dre tarafından
2. Aluquette'den “Genomik Kütüphane Yapımı” - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması (CC BY-SA 3.0)