CRISPR ve RNAi Arasındaki Fark

anahtar fark - CRISPR vs RNAi
 

Genom düzenleme ve gen modifikasyonu, genetik ve moleküler biyoloji ile ilgili ilgi alanlarıdır. Gen modifikasyonu, gen terapisi çalışmaları için yaygın olarak uygulanabilir ve ayrıca genin özelliklerini, genin işlevselliğini ve gendeki mutasyonların işlevini nasıl etkileyebileceğini tanımlamak için kullanılır. Canlı hücrelerin genomunda hassas, hedefe yönelik değişiklikler yapmak için etkili ve güvenilir yollar geliştirmek önemlidir. Genleri yüksek hassasiyetle değiştirmek için CRISPR ve RNAi gibi teknikler kullanılır. CRISPR veya Kümelenmiş Düzenli Olarak Aralıklı Kısa Palindromik Tekrarlar, ökaryotik gen düzenleme ve modifikasyonu için son zamanlarda kullanılan doğal olarak oluşan bir prokaryotik bağışıklık savunma mekanizmasıdır. RNAi veya RNA etkileşimi, nükleik asitlerle aracılık eden ve gen ekspresyonunu düzenleyen küçük çift sarmallı RNA ekleyerek genleri susturmak için diziye özgü bir yöntemdir. Bu temel fark CRISPR ve RNAi arasında.

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. CRISPR nedir
3. RNAi nedir
4. CRISPR ve RNAi Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Şeklinde CRISPR vs RNAi
6. Özet

CRISPR nedir?

CRISPR sistemi, bazı bakterilerde bulunan doğal bir mekanizmadır. E. coli ve archea. Yabancı DNA bazlı istilalara karşı adaptif bir bağışıklık korumasıdır. Sekansa özgü bir mekanizmadır. CRISPR sistemi birkaç DNA tekrar elemanı içerir. Bu elementler, yabancı DNA ve çoklu Cas genlerinden türetilen kısa "aralayıcı" dizilerle serpiştirilir. Cas genlerinin bazıları nükleazdır. Böylece, tam bağışıklık sistemi CRISPR / Cas sistemi olarak adlandırılır..

Şekil 01: CRISPR / Cas sistemi

CRISPR / Cas sistemi dört adımda çalışır.

1. Sistem genetik olarak istilacı faj ve plazmid DNA segmentlerini (aralayıcıları) CRISPR lokuslarına (aralayıcı edinme adımı olarak adlandırılır) bağlar.
2. crRNA olgunlaşma adımı - Konak, olgun CRISPR RNA üretmek için CRISPR lokasyonlarını kopyalar ve işler (crRNA) hem CRISPR tekrar elemanlarını hem de entegre ara elemanlarını içerir.
3. CrRNA'nın tespiti - Bu, tamamlayıcı baz eşleştirmesi ile kolaylaştırılır. Bir enfeksiyon olduğunda ve bulaşıcı bir ajan mevcut olduğunda bu önemlidir.
4. Hedef girişim adımı - crRNA yabancı DNA'yı tespit eder, yabancı DNA ile bir kompleks oluşturur ve konağı yabancı DNA'ya karşı korur.

Günümüzde CRISPR / Cas sistemi, transkripsiyon baskısı veya aktivasyonu yoluyla memeli genomunu değiştirmek veya değiştirmek için kullanılır. Memeli hücreleri, onarım mekanizmasını benimseyerek CRISPR / Cas9 aracılı DNA kopmalarına cevap verebilir. Homolog olmayan uç birleştirme yöntemi (NHEJ) veya homolojiye yönelik onarım (HDR) kullanılarak yapılabilir. Bu onarım mekanizmalarının her ikisi de çift sarmallı kopmalar uygulanarak gerçekleşir. Bu, memeli geninin düzenlenmesiyle sonuçlanır. Bu nedenle günümüzde terapötik, biyomedikal, tarım ve araştırma uygulamaları alanlarında CRISPR / Cas sistemi kullanılmaktadır..

RNAi nedir?

RNA etkileşimi, gen ekspresyonunu düzenlemek için kullanılan çift sarmallı bir RNA aracılı tekniktir. İlgili ana bileşik, küçük karışan RNA'lardır (siRNA'lar). SiRNA'lar, iki nükleotidin 3 'çıkıntısına ve 5' fosfat grubuna sahip özel bir çift sarmallı RNA türüdür. RNA ile indüklenen susturma kompleksi (RISC), RNA etkileşimi sırasında siRNA'ya bağlı genin bozulmasına yol açacak şekilde oluşur..

Resim 02: RNAi

RNAi'nin prosedürü aşağıdaki gibidir.

1. Çift zincirli RNA sitoplazmada ~ 21 nükleotid uzunluğunda siRNA üretmek için Dicer adlı RNaz III tipi endoribonükleaz ile işlenecektir.
2. Çift zincirli RNA bağlayıcı proteinlerin (dsRNABP) yardımıyla siRNA'ya bağlı Dicer'ın Argonaute'e transferi.
3. Argonaute'un dubleksin bir iplikçikine (kılavuz iplikçik) bağlanması. Bu, diğer ipin yerini alacaktır. Bu, RISC adı verilen tam bir protein - RNA kompleksi ile sonuçlanır..
4. RISC kompleksinin Argonaute'a bağlı tek zincirli kılavuz RNA ile eşleştirilmesi.
5. Homolog RNA hedefinin kılavuz RNA ile eşleştirilmesi.
6. Hedef RNA'nın bozulmasına neden olan Argonaute aktivasyonu

CRISPR ve RNAi Arasındaki Benzerlik Nedir??

• Her ikisi de gen ifadesini değiştiren araştırma araçları olarak kullanılır

CRISPR ve RNAi Arasındaki Fark Nedir??

CRISPR vs RNAi
CRISPR, son zamanlarda ökaryotik gen düzenleme ve modifikasyonu için kullanılan bir bağışıklık savunma mekanizmasıdır.	RNAi, küçük çift sarmallı genleri susturmak için genleri susturmak için diziye özgü bir yöntemdir
Hedefleme Sırası
Sentetik RNA (kılavuz RNA) CRISPR'nin hedefleme dizisidir.	siRNA, RNAi'nin hedefleme dizisidir.
Gen Bastırmada Verimlilik
CRISPR'da düşük	RNAi bakımından yüksek
Etkileri
Genlerin parçalanması CRISPR'de gerçekleşir.	RNAi'de nakavt / susturma meydana gelir.

Özet - CRISPR vs RNAi

CRISPR veya Kümelenmiş Düzenli Olarak Aralıklı Kısa Palindromik Tekrarlar son zamanlarda ökaryotik gen düzenleme ve modifikasyonu için kullanılan doğal olarak oluşan bir prokaryotik bağışıklık savunma mekanizmasıdır. RNAi veya RNA etkileşimi nükleik asitlerle aracılık eden ve gen ekspresyonunu düzenleyen küçük çift sarmallı RNA sokarak genleri susturmak için sekansa özgü bir yöntemdir. Bu, CRISPR ve RNAi arasındaki temel fark olarak kabul edilebilir. Her iki teknik de, CRISPR / Cas ve RNAi, gen manipülasyonları için güçlü araçlardır, ancak CRISPR / Cas, hem sokma hem de delesyonları indüklemek için kullanılabileceğinden kesinlikle RNAi'den daha üstündür. CRISPR / Cas sisteminde de özgüllük yüksektir.

İndir CRISPR vs RNAi PDF sürümünü

Bu makalenin PDF sürümünü indirebilir ve alıntı notuna göre çevrimdışı amaçlar için kullanabilirsiniz. Lütfen PDF sürümünü buradan indirin CRISPR ve RNAi Arasındaki Fark 

Referans:

1. Biolabs, New England. “CRISPR / Cas9 ve Hedeflenen Genom Düzenleme: Moleküler Biyolojide Yeni Bir Dönem.” CRISPR / Cas9 ve Hedeflenen Genom Düzenleme: Moleküler Biyolojide Yeni Bir Dönem | NEB. Erişim tarihi: 22 Eylül 2017. Buradan ulaşılabilir 
2. “RNA Girişimi (RNAi).” Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi. Erişim tarihi: 22 Eylül 2017. Buradan ulaşılabilir
3.Unniyampurath, Unnikrishnan ve ark. “CRISPR Çağında RNA Etkileşimi: CRISPR RNAi ile etkileşime girer mi?” Uluslararası Moleküler Bilimler Dergisi, MDPI, Mart 2016. Erişim tarihi 22 Eylül 2017. Buradan erişilebilir

Görünüm inceliği:

1. 'CRISPR bağışıklığının Aşamaları' CtSkennerton tarafından - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması, (CC BY-SA 4.0) 
2.'RNAi basitleştirilmiş 'Bu rakam Matzke MA, Matzke AJM tarafından bire uyarlanmıştır - Bu rakam Matzke MA, Matzke AJM (2004) Yeni Bir Paradigmanın Tohumlarını Dikmek ile uyarlanmıştır. PLoS Biol 2 (5). (CC BY 2.5) Comons Wikimedia üzerinden