DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Fark

Anahtar Fark - DNA ve RNA Ekstraksiyonu
 

DNA ve RNA çalışması moleküler biyoloji, biyoteknoloji ve genetik ile ilgili temel kavramları anlamak için hayati öneme sahiptir. Bu çalışmalar sırasında deneysel prosedürler gerçekleştirmek için saf DNA ve RNA örneklerinin ekstraksiyonu gereklidir. DNA ve RNA ekstraksiyonu arasındaki temel fark DNA ekstraksiyon işlemi DNA'yı saflaştırırken RNA ekstraksiyonu RNA'yı saflaştırır. DNA ekstraksiyon işleminin üç farklı aşaması vardır: hücre lizizi ve membran lipitlerinin ve proteinlerinin katabolizması, katabolitlerin konsantre tuz çözeltisi ile toplanması ve DNA'nın etanol ile çökeltilmesi. Üç aşamalı prosedür iki isteğe bağlı aşamadan oluşabilir. RNA saflaştırma işlemi dört farklı aşamadan oluşur: hücre lizisi için guanidium tiyosiyanat eklenmesi, ribonükleazlar dahil protein denatürasyonu, kloroform ve fenol ilavesiyle RNA'nın ayrılması ve çökeltinin etanol kullanılarak yıkanması.

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. DNA Ekstraksiyonu nedir
3. RNA Ekstraksiyonu nedir
4. DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Şeklinde DNA ve RNA Ekstraksiyonu
6. Özet

DNA Ekstraksiyonu Nedir?

DNA ekstraksiyonu, DNA'yı bir örnekten saflaştırmak için kullanılan fiziksel ve kimyasal bir işlemdir. DNA ekstraksiyonu moleküler biyoloji ve adli bilimler bağlamında önemli bir husustur. Süreç üç temel adımdan oluşur. Başlangıçta, ilgili hücreler elde edilmelidir. Daha sonra, hücreyi açan ve sitoplazmayı DNA ile birlikte açığa çıkaran hücre zarını kırmak için hücre lizizi kolaylaştırılır. Yüzey aktif cisimleri veya diğer deterjanlar, hücre zarından lipitleri lize etmek için kullanılabilirken, mevcut proteinler proteazlar tarafından katabolize edilir. Bu, isteğe bağlı bir adımdır. Hücre lize edildiğinde, katabolize moleküllerin toplanması konsantre tuz çözeltileri ile kolaylaştırılır. Bunu, enkaz kümelerini DNA'dan ayıran çözeltinin santrifüjlenmesi takip eder. Bu aşamada, farklılaştırılmış DNA, hücre döngüsü sırasında kullanılan reaktifler ve tuzlarla karıştırılır..

Resim 01: DNA ekstraksiyonu

Daha fazla saflaştırmak için aşağıdaki adımlar kullanılabilir. Bir yöntem, buz gibi soğuk etanolün ayrılmış DNA örneği ile karıştırılmasını içeren etanol çökeltmesidir. DNA alkolde çözünmez ve böylece DNA moleküllerinin bir araya toplanması nedeniyle bir pelet üretir. İyonik gücü arttırarak çökelme derecesini arttırmak için bu işlemde sodyum asetat eklenir. Etanol çökeltme işlemine ek olarak, bunun için fenol-kloroform ekstraksiyon işlemi de başlatılabilir. Bu yöntemde, fenol numunede bulunan proteinleri denatüre eder. Santrifüjden sonra, denatüre proteinler organik fazda kalacak, kloroform ile karıştırılan DNA molekülleri sulu fazda mevcut olacaktır. Kloroform, fenol kalıntılarını giderecektir. Ekstraksiyon tamamlandıktan sonra DNA, TE tamponu veya ultra saf suda çözündürülür..

RNA Ekstraksiyonu Nedir?

RNA saflaştırması, RNA'nın biyolojik bir numuneden saflaştırıldığı bir işlemdir. Hücrelerde ve dokularda ribonükleaz varlığı nedeniyle, bu süreç karmaşıktır. Ribonükleaz enzimi RNA'yı hızla parçalama yeteneğine sahiptir. Ribonükleazların kimyasal yapısı son derece kararlıdır ve bunları inaktive etmek zordur. Ribonükleazları nötralize etmek bir seçenektir. Bu enzim hücrelerde ve dokularda her yerde bulunduğundan, RNA ekstraksiyonu için özel teknikler geliştirilmiştir. Birçok yöntemden ortak yöntem Guanidinyum tiyosinat-fenol-kloroform ekstraksiyonudur..

Resim 02: RNA Ekstraksiyonu

Guanidinyum tiyosinat-fenol-kloroform ekstraksiyon yöntemi, santrifüjleme ve faz ayrılmasına bağlıdır. Santrifüjlenecek karışım sulu numuneden ve fenol ve kloroformdan oluşan suya doymuş bir çözeltiden oluşur. Santrifüjlendikten sonra, çözelti nötr pH koşulları (pH 7-8) altında bir üst sulu faz ve bir alt organik fazdan oluşur. Sulu fazda RNA bulunur. Organik faz tipik olarak fenol içinde çözülmüş proteinler ve kloroform içinde çözülmüş lipitlerden oluşur. Bir kaotropik ajan (su molekülleri arasındaki hidrojen bağlarını parçalama yeteneğine sahip bir molekül) eklenir; buna guanidinyum tiyosiyanat denir. Bu ajan RNA'yı parçalayabilen ve hücre lizizine karışan ribonükleazları içeren proteinleri denatüre etme yeteneğine sahiptir. Aynı zamanda rRNA'yı ribozomal proteinlerden ayırır. RNA saflaştırmasının son aşaması, sulu fazın çökelmesini etanol ile yıkamaktır. RNA sıvı azot kullanılarak da saflaştırılabilir.

DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• Her iki ekstraksiyon işleminde de fenol ve kloroform gibi zararlı kimyasallar kullanılır..
• Santrifüjleme her iki işlem için de temel bir tekniktir.
• Çökeltiyi yıkamak ve saflaştırılmış DNA veya RNA elde etmek için etanol kullanılır.

DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Fark Nedir??

DNA ve RNA Ekstraksiyonu
DNA ekstraksiyonu, bir organizmadan veya örnekten DNA ekstrakte eden bir işlemdir.	RNA ekstraksiyonu, bir örnekten RNA ekstrakte eden bir işlemdir.
adımlar
DNA ekstraksiyon işlemi, iki isteğe bağlı adımla üç farklı adımdan oluşur.	RNA ekstraksiyon işlemi dört farklı adımdan oluşur.
Reaktifler
Sürfaktanlar, proteazlar (isteğe bağlı), alkol, kloroform, fenol, sodyum asetat DNA ekstraksiyonu için kullanılır.	RNA ekstraksiyonu için Guanidium tiyosiyanat, kloroform, fenol, etanol kullanılır.

Özet - DNA vs RNA Ekstraksiyonu

DNA ve RNA ekstraksiyonu, moleküler biyoloji, genetik ve biyoteknolojinin incelenmesi için deneysel prosedürlerin hayati yönleridir. Her iki işlem de benzer reaktifler içerir, ancak RNA ekstraksiyonu, ribonükleazların aktivitesini azaltan Guanidium tiyosiyanat olarak bilinen özel bir reaktif kullanır. Bu DNA ve RNA ekstraksiyonu arasındaki temel farktır.

DNA ve RNA Ekstraksiyonunun PDF Versiyonunu İndirin

Bu makalenin PDF sürümünü indirebilir ve alıntı notuna göre çevrimdışı amaçlar için kullanabilirsiniz. Lütfen PDF sürümünü buradan indirin DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Fark

Referans:

1. Chomczynski, P ve N Sacchi. “Asit guanidinyum tiyosiyanat-Fenol-Kloroform ekstraksiyonu ile RNA izolasyonunun Tek Adımlı yöntemi.” Analitik biyokimya., ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi, Nisan 1987, Burada bulunabilir. Erişim tarihi: 31 Ağu 2017
2. Hindawi. “DNA, RNA ve Protein Ekstraksiyonu: Geçmiş ve Bugün.” BioMed Research International, Hindawi, 30 Kasım 2009, Burada bulunabilir. Erişim tarihi: 31 Ağu 2017.

Görünüm inceliği:

1. “Avokadodan alınan DNA” Mike Seyfang - Commons Wikimedia aracılığıyla aslen Flickr'a başarı olarak gönderildi (CC BY 2.0)
2. “PhOH-CHCl3 ekstraksiyonu” Squidonius tarafından (tartışma) - Kendi çalışması (Asıl metin: kendi kendine yapılan) (Kamusal Alan) Commons Wikimedia üzerinden