Genomik DNA ile Plazmid DNA İzolasyonu Arasındaki Fark

temel fark genomik DNA ve plazmid DNA izolasyonu arasında genomik DNA izolasyonu genomik DNA ekstraksiyonunu hedeflerken, plazmid DNA izolasyonu bakterilerin plazmid DNA ekstraksiyonunu hedefler.

DNA izolasyonu, DNA'yı farklı türlerden veya farklı örneklerden izole etmek için kullanılan kimyasal bir işlemdir. DNA izolasyonu, jel elektroforezi, polimeraz zincir reaksiyonu ve DNA sekanslama teknikleri gibi alt moleküler biyoloji tekniklerinde önemlidir. Bu nedenle, DNA'nın izolasyonu moleküler biyolojik çalışmalarda önemli bir kimyasal süreçtir. Araştırmanın amacına bağlı olarak, bazen genomik DNA'yı izole etmek gerekir. Ek olarak, bazı çalışmalar plazmid DNA'nın bakterilerden izole edilmesine odaklanmaktadır. Genomik DNA izolasyonu, bir prokaryotik veya bir ökaryotik örnekten genomik DNA'nın izole edilmesi işlemidir. İzolasyon adımları, DNA'nın izole edildiği hücrenin tipine göre değişir. Plazmid DNA izolasyonu, plazmid DNA'nın bir bakteri hücresinden izole edilmesi işlemidir. Genomik DNA izolasyonu ile karşılaştırıldığında, plazmid DNA izolasyonunda genel süreç karmaşıktır.

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Genomik DNA İzolasyonu Nedir
3. Plazmid DNA İzolasyonu Nedir
4. Genomik DNA ve Plazmid DNA İzolasyonu Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Formunda Plazmid DNA İzolasyonu ile Genomik DNA
6. Özet

Genomik DNA İzolasyonu Nedir?

Genomik DNA izolasyonu, bir organizmanın bütün genomik DNA'sının ekstraksiyon işlemidir. Bu özel süreç üç ana olayı içerir. Bunlar, hücre lizizi veya nükleer liziz, protein bozulması veya proteoliz ve genomik DNA'nın çökeltilmesidir. Lizis adımı, hücre tipine göre değişebilir. Prokaryotlarda, bir peptidoglikan hücre duvarı olduğundan, ilk adım hücre duvarının bozulması olmalıdır. Öte yandan, ökaryotlarda, lizis aşaması, DNA'yı dışa çıkarmak için plazma zarının ve nükleer zarın parçalanmasını içerir. Buna karşılık, bitki ve mantar hücre duvarlarını parçalamak için özel adımlar gereklidir..

Şekil 01: Genomik DNA İzolasyonu

Sonuç olarak, lizis aşaması tamamlandığında, sonuçta DNA süpernatana gelecektir. Eşzamanlı olarak, proteinaz K ilavesinden ötürü çözelti içinde protein yıkımı da gerçekleşir. Bir sonraki adım genomik DNA ve bozulmuş proteinleri birbirinden ayırmaktır. Dolayısıyla, parçalanmış proteinler çökeltme ile ayrılır ve genomik DNA'nın süpernatant içinde kalmasına izin verir. Proteinlerin çökeltilmesinden sonra genomik DNA çökeltilebilir ve deney için gerekli olana kadar uygun bir tamponda yeniden süspansiyon haline getirilebilir.

Doğrusal DNA olan genomik DNA, bir organizmanın tüm genetik bilgilerini içerir. Başka bir deyişle, genom, hücrenin tüm yapısal ve fonksiyonel aktivitelerinden sorumlu olan canlı bir organizmanın kalıtım materyalidir. Hem kodlayan hem de kodlamayan DNA dizilerinden oluşur. Genomik DNA'yı izole ederken, organizmanın tüm genomunu içerir.

Plazmid DNA İzolasyonu Nedir?

Plazmid DNA izolasyonu, DNA izolasyonunun özel ve daha karmaşık bir işlemidir. Plazmidler çoğu bakteri hücresinde bulunan kromozom dışı DNA'dır. Bakterilerin zorlu çevre koşullarında hayatta kalmasını destekleyen uykuda dairesel DNA'dır. Plazmid DNA, antibiyotik direnci, virülans özellikleri ve toksik özellikler gibi bakterilere ek avantajlar sağlayan özel dirençli genlerden oluşur..

Resim 02: Plazmid DNA İzolasyonu

Plazmid DNA izolasyonu ayrıca üç ana işlemi içerir; hücre lizizi, proteinoliz ve DNA çökelmesi. İzolasyonun biyokimyasal mekanizması, genomik DNA izolasyonununkine benzer olsa da, süreç bundan daha karmaşıktır. Hücre parçalama işlemi bu prosedürde en önemli süreçtir. En önemlisi, genomik DNA ve plazmid DNA birbiriyle karıştırılmamalıdır. Bu nedenle, çok daha hafif bir parçalama işlemi plazmid DNA izolasyon prosedürüne dahil edilir. Bu nedenle, çoğu plazmid DNA izolasyon prosedürlerinde deterjan kullanılır; hücre lizizi için sodyum dodesil sülfat.

Genomik DNA ile Plazmid DNA İzolasyonu Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• Genomik DNA ve Plazmid DNA izolasyonu, bir organizmanın DNA'sının çıkarılmasına odaklanır.
• Ayrıca, her ikisi de hücre lizizi, protein yıkımı ve DNA çökelmesini içeren aynı genel süreci takip eder..
• Ayrıca, her iki işlemden elde edilen DNA, sonraki işlemlerde önemlidir.
• Ayrıca, her iki izolasyon işlemi de DNA'yı belirtilen saklama koşullarında saflaştırma ve saklama adımlarını içerir..
• Ayrıca, proteinaz K her iki yöntemde de proteinleri parçalamak için kullanılır.

Genomik DNA ve Plazmid DNA İzolasyonu Arasındaki Fark Nedir??

Genomik DNA izolasyonu hedef organizmanın tüm genomik DNA'sının ekstraksiyonuna odaklanırken, plazmid DNA izolasyonu sadece belirli bakteri türlerinden plazmid DNA'nın izolasyonuna odaklanır. Bu nedenle, bu genomik DNA ve plazmid DNA izolasyonu arasındaki temel farktır. Ayrıca, genomik DNA ve plazmid DNA izolasyonu arasındaki bir başka fark prosedürde bulunmaktadır. Genomik DNA izolasyonu, plazmid DNA izolasyonuna kıyasla daha az karmaşık bir prosedürdür. Bu nedenle, plazmid DNA'yı izole ederken, genomik ve plazmid DNA'nın birbirleriyle karışmasını önlemek için önlemler almak gerekir..

Aşağıdaki infograohic, genomik DNA ve plazmid DNA izolasyonu arasındaki fark hakkında daha fazla ayrıntı sunmaktadır..

Özet - Genomik DNA ve Plazmid DNA İzolasyonu

DNA izolasyonu moleküler biyoloji tekniklerinde önemli bir süreçtir. Genomik DNA ve plazmid DNA (ekstra kromozomal DNA) olmak üzere iki tip DNA vardır. Gerekliliğe dayanarak, bazı prosedürler genomik DNA'nın izole edilmesi için gerçekleştirilirken, bazı prosedürler sadece plazmid DNA'nın bakterilerden izole edilmesine odaklanır. Dolayısıyla, her iki işlemde yer alan adımlar birbirinden biraz farklıdır. Bununla birlikte, genel süreç her iki izolasyonda da aynıdır. Her iki işlemin izole edilmiş DNA'sı, klonlama, jel elektroforezi ve polimeraz zincir reaksiyonları gibi sonraki işlemlerde muazzam bir kullanıma sahiptir. Genomik DNA izolasyon protokolünün sonunda, organizmanın tüm genomik DNA'sı nihai ürün olarak izole edilebilirken, plazmid DNA izolasyon protokolünün sonunda, ilgili bakterinin plazmid DNA'sı nihai ürün olarak izole edilebilir. Bu nedenle, bu genomik DNA ve plazmid DNA izolasyonu arasındaki farktır.

Referans:

1. “BAKTERİDEN DNA EKSTRAKSİYONU.” Bakterilerden DNA Ekstraksiyonu. Burada mevcut 

Görünüm inceliği:

1. ”DNA Ekstraksiyonu” Joo Nath tarafından - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması, (CC BY-SA 4.0) 
2. ”Plazmid miniprep” Retama tarafından - Kendi çalışması, Commons Wikimedia üzerinden (CC BY-SA 4.0)