Genotipleme ve Sekanslama Arasındaki Fark

Temel Fark - Genotipleme ve Sıralama
 

Genotipleme ve dizileme, esas olarak bir organizmanın DNA'sı olan nükleik asitler hakkında bilgi elde etmek için gerçekleştirilen iki tekniktir. Genotipleme ve sekanslama arasındaki temel fark Genotipleme, bireyin markörler kullanarak hangi genetik varyanta sahip olduğunu belirleme işlemidir; sekanslama, verilen DNA fragmanı içinde nükleotit sekansının doğru sırasının belirlenmesidir..

İÇİNDEKİLER
1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Genotiplendirme Nedir
3. Sıralama nedir
4. Yan Yana Karşılaştırma - Genotipleme ve Sekanslama
5. Özeti

Genotipleme Nedir?

Genotipleme, bir DNA ve markerler dizisi kullanılarak bir bireyin genetik yapısının belirlenmesi ve kalıtımının karşılaştırılması ve tanımlanmasıdır. Genotipleme, evrimsel biyoloji, popülasyon biyolojisi, taksonomi, ekoloji ve organizmaların genetiğinde önemlidir. DNA sekanslama, polimeraz zincir reaksiyonu, kısıtlama fragman uzunluğu polimorfizmi (RFLP), rasgele çoğaltılmış polimorfik saptama, amplifiye edilmiş fragman uzunluğu polimorfizmi (AFLP), DNA mikrodizileri, vb. Gibi farklı tekniklerle gerçekleştirilebilir..

Genotipleme, DNA dizilerinin belirli küçük parçalarının dizilenmesini ve genetik bileşimin genetik markörler kullanan diğer kişilerle ilişkisinin bulunmasını içerir. Bireyler veya spesifik aleller arasındaki tek nükleotid polimorfizmlerini (SNP'ler) belirler. Genotipleme, insanlar dahil olmak üzere çok çeşitli organizmalara uygulanabilir. Ayrıca virüsler, mantarlar vb. Gibi mikroorganizmalar için de geçerlidir ve genetik varyantlarını referans profilleri ile belirlemek için kullanılabilir. Moleküler epidemiyoloji ve adli mikrobiyolojide, patojenlerin, özellikle mikroorganizmaların kontrolü, genotiplemeden elde edilen bilgilerle yapılır. Soy ağacı analizinde genotipleme çok önemlidir. İnsanlar anneliği ve babalığı doğrulamak için genotiplidir. Genotip, belirli özelliklere karar veren genlerin baskın ve resesif alellerini ortaya çıkaracaktır..

Şekil_1: RFLP Genotipleme

Sıralama nedir?

Sıralama, belirli bir DNA veya RNA fragmanındaki nükleotidin doğru sırasını belirleme işlemidir. Bir organizmanın büyümesi ve gelişmesi için gerekli olan tüm bilgiler genomunda kodlanır. Birkaç yüz nükleotit uzun nükleik asit fragmanı üretmek ve ayırmak için tekniklerin mevcudiyeti, belirli bir DNA veya RNA fragmanının kesin nükleotit sekansını belirleme prosedürlerinin geliştirilmesine yol açtı. Günümüzde farklı tipte sekanslama yöntemleri mevcuttur. Bu sekanslama yöntemleri, bir organizmanın tüm genomunu temsil eden genom kütüphanelerinin inşası için teknolojilerle birlikte, bu organizmanın tüm genomunun sekanslanmasını kolaylaştırarak gen yapılarının, gen fonksiyonlarının, gen lokasyonlarının, gen ekspresyonlarının, gen haritalama, gen düzenleyici bölgeler vb..

Birçok virüsün, birkaç bakteri, arkebakteri, maya ve diğer bazı organizmaların toplam genomları dizildi ve haritalandı. İnsan genom projesi, tüm insan genomunu sıralamayı ve haritalamayı ve ilk taslağını 2003'te yayınlamayı mümkün kılmıştır. Biyolojinin ilerlemesinde önemli bir kilometre taşıdır. İnsan genom dizileri artık tıp sektöründe nadir hastalıkların genetik nedenlerini, yenidoğanlarda ekran hastalığı riskini, farklı kanserlerin genetik ayrıntılarını belirlemek, yeni terapötikler geliştirmek ve yeni teşhis araçları geliştirmek için kullanılmaktadır..

Bitki dünyasında, pirinç genomu ve Arabidopsis genomları sıralanmıştır. Bu dizilerin bilgisi kuşkusuz hücre ve organizmaların nasıl işlediğine dair anlayışımızda devrim yaratacaktır..

Figure_2: Sanger sıralamasının bir otoradyografisi

Genotipleme ve Sekanslama arasındaki fark nedir?

Genotipleme ve Sekanslama
Genotipleme, bir bireyin genetik bileşimini belirleme ve bu organizmanın grubunu veya taksonomisini kontrol etme işlemidir..	Sıralama, belirli bir DNA veya RNA fragmanının nükleotitlerinin kesin sırasını belirleme işlemidir.
Teknikler
RFLP, Gen sıralaması, PCR, DNA mikrodizileri, AFLP vb..	Sanger sıralama, Gilbert sıralama, Pyrosequencing, Yeni Nesil Sıralama, Av tüfeği sıralama vb..
Başlıca Endişeler
Bu, genotip farklılıklarının gerçek fenotip farklılıklarını verip vermediği ile ilgilidir.	Bu, nükleotitlerin sırası ve diğer organizmalarla farklılıkları ve değişiklikleri hakkında daha fazla endişe duymaktadır..

Özet - Genotipleme vs Sıralama

Genotipleme ve dizileme organizmaların genetik bilgilerinin araştırılmasında faydalıdır. Genotipleme, bireyler arasındaki genotip varyasyonlarını belirleme ve kategorilerini bulma sürecidir. Sıralama, ilgili fragmandaki veya DNA bölgesindeki nükleotitlerin doğru sırasını belirleme işlemidir. Her iki teknik de genler ve genomlar hakkında önemli bilgiler sağlar.

Referans:
1. “Genotipleme yöntemleri.” Moleküler biyolojide yöntemler (Clifton, N.J.). ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi, n.d. Ağ. 20 Şub. 2017.
2. Akey, J. M., D. Sosnoski, E. Parra, S. Dios, K. Heister, B. Su, C. Bonilla, L. Jin ve M.D. Shriver. “SNP'lerin Erime Eğrisi Analizi (McSNP ): SNP Genotiplendirmesi için Jel İçermeyen ve Ucuz Bir Yaklaşım.” BioTechniques 30.2 (2001): 358-67. ağ.

Görünüm inceliği:
1. “RFLP genotipleme” By (bilinmiyor) - Commons Wikimedia üzerinden Ulusal Sağlık Enstitüleri (Kamusal Alan)
2. “Radyoaktif Floresan” Abizar tarafından İngilizce Wikipedia (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedia üzerinden