GFP ve EGFP Arasındaki Fark

temel fark GFP ve EGFP arasında GFP: EGFP, memeli hücreleri üzerinde kullanılabilen geliştirilmiş veya tasarlanmış bir GFP türüdürken, memeli olmayan hücrelerin moleküler klonlanmasına katılan vahşi tipte bir protein.

Moleküler klonlama, bilim adamlarının proteinleri rekombinant teknoloji ile eksprese etmekte son derece kullandıkları ileri bir tekniktir. Rekombinant DNA teknolojisinde, rekombinant vektörün organizmayı barındırmak için başarıyla dönüştürülmesi gerekir. Bu nedenle, dönüştürme işlemi sırasında, ilgilenilen genin konakçıya dönüştürülüp dönüştürülmediği belirlenmeli ve teyit edilmelidir. Bunu değerlendirmek için moleküler biyologlar çeşitli teknikler benimserler. Bu tekniklerden biri muhabir gen. Bu raportör genler, doğru transformantları seçmek için seçilebilir markerler olarak işlev görür. Dolayısıyla, Yeşil Floresan Protein (GFP) ve Geliştirilmiş Yeşil Floresan Protein (EGFP) moleküler klonlamada kullanılan iki raportör proteindir.

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. GFP nedir
3. EGFP nedir
4. GFP ve EGFP Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Şeklinde GFP vs EGFP
6. Özet

GFP nedir?

GFP, 238 amino asit kalıntısı ve onu diğer flüoresan proteinlerden ayıran birkaç amino asit sekansı bölgesi içeren vahşi tipte bir proteindir. Ayrıca, bu vahşi tip protein aslında Aequorea Victoria; bir tür denizanası. Bununla birlikte, doğal fenomenlerde, denizanası belirli uyaranlara yanıt olarak yeşil renk floresanı üretebilmiştir..

Daha önce, bu kavram bilim adamlarını şaşırttı ve rekombinant DNA teknolojilerinde kullanmaya karar verdiler. Sonuç olarak, bilim adamları, vahşi tip genin bu mutant formunu, gen ekspresyon çalışmalarında bir raportör gen olarak kullandılar. Vahşi tip GFP geni, oda sıcaklığında veya UV ışığı altında floresan veren bir protein üretebilir. Bu nedenle, transformantlara sokulduğunda, floresan ifade eder ve üretir. Dönüştürme işleminden sonra flüoresans ortaya çıkarsa, dönüştürme işleminin başarısını doğrular. Basit bir deyişle, floresan emisyonu, ilgilenilen geni konakçıya taşıyan vektörün başarılı bir şekilde dönüşümüne işaret eder..

Şekil 01: GFP

Bu nedenle GFP, in vivo gen ifadesinin belirteci. Günümüzde GFP üretmek için genetik mühendisliği teknikleri kullanılmaktadır. Ayrıca, EGFP gibi birçok gelişmiş GFP sürümü de mevcuttur. Bu nedenle, GFP'nin moleküler klonlama ve gen ekspresyonu çalışmalarında verimli kullanılmasını sağlar.

EGFP nedir?

Geliştirilmiş Yeşil Floresan Proteini veya EGFP, GFP'nin geliştirilmiş bir sürümüdür. Basit bir deyişle, EGFP'yi vahşi tip GFP'nin tasarlanmış bir sürümü olarak tanımlayabiliriz. Vahşi tip GFP geni mutasyona uğradığında faydalı etkiler üretir. Bu nedenle, mutasyona uğramış GFP geni yeni karakterlerin ifade edilmesine izin verir ve bunun sonucunda gelişmiş özelliklere sahip Geliştirilmiş GFP üretebiliriz. Ayrıca, ışınlama veya kimyasal yöntemler kullanarak vahşi tip GFP genine mutasyonları başarıyla dahil edebiliriz. Bu mutasyona uğramış genler daha sonra daha faydalı özelliklere sahip olan EGFP'yi üretir..

Şekil 02: EGFP

EGFP'nin geliştirilmiş özellikleri aşağıdaki gibidir;

• Daha güçlü floresans sinyalleri yayabilir.
• Yüksek hassasiyete sahiptir.
• Prokaryotlar ve diğer düşük seviyeli ökaryotlar yerine memeli hücrelerinde kullanılabilir.
• Ayrıca, ürünün saflığını arttırır.

Bu nedenle, GFP ile karşılaştırıldığında, EGFP gen ekspresyon çalışmaları için tercih edilen seçimdir. Ancak, ürün GFP'ye göre daha pahalıdır.

GFP ve EGFP Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• GFP ve EGFP yeşil renk yayan iki proteindir
• Bu nedenle, gen ekspresyon çalışmalarında her ikisi de raportör proteinler olarak işlev görür.
• Ayrıca, rekombinant DNA teknolojisini kullanarak her ikisini de sentezlemek mümkündür.
• Ayrıca, iyileştirilmiş formları sentezlemek için bu iki türü daha fazla mutasyona geçirmek kolaydır.

GFP ve EGFP Arasındaki Fark Nedir??

Raportör gen, rekombinant DNA teknolojisinde ilgilenilen gene bağlanan bir gendir. Rekombinant vektörün konakçıya başarıyla dönüştürüldüğüne işaret eder. Burada GFP ve EGFP, raportör proteinler olarak çalışan iki tür yeşil floresan proteinlerdir. Bununla birlikte, GFP ve EGFP arasındaki temel fark, GFP'nin vahşi bir tür olması ve EGFP'nin GFP'nin tasarlanmış bir sürümü olmasıdır. Ayrıca EGFP, GFP'den daha faydalı özelliklere sahiptir. Örneğin, EGFP daha güçlü floresan ışığı üretir ve GFP'den daha duyarlıdır. GFP ve EGFP arasındaki bir diğer fark, bunları kullanabileceğimiz sistemlerdir. Memeli olmayan sistemler GFP kullanırken, memeli sistemleri EGFP kullanır.

Aşağıdaki infografik, GFP ve EGFP arasındaki farkı tablo halinde gösterir.

Özet - GFP vs EGFP

GFP ve EGFP, moleküler klonlama ve gen ekspresyon çalışmalarında raportör proteinlerdir. GFP, yeşil bir floresan proteini olan vahşi tip proteindir. Protein başlangıçta denizanasından izole edildi Aequorea victoria. Bunun aksine, EFGP, GFP proteininin gelişmiş bir şeklidir. Geliştirilmiş özelliklere sahip vahşi tipte bir mutanttır. Bu nedenle, EFGP daha yüksek sinyal gücüne ve daha yüksek hassasiyete sahiptir. Bu nedenle, memeli vektörleri üzerinde kullanabiliriz. Buna karşılık, GFP'nin kullanımı esas olarak sadece memeli olmayan vektörler üzerindedir. Genel olarak, bu GFP ve EGFP arasındaki farktır.

Referans:

1.Cinelli, RA, ve diğ. “Protein Dinamiği ve Lokalizasyon Analizi İçin Bir Araç Olarak Geliştirilmiş Yeşil Floresan Protein: Tek Molekül Seviyesinde Lokal Floresan Çalışması.” Fotokimya ve Fotobiyoloji., ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi, Haziran 2000. Buradan ulaşabilirsiniz  
2. “PDB101: Ayın Molekülü: Yeşil Floresan Protein (GFP).” RCSB: PDB-101. Burada mevcut

Görünüm inceliği:

1. ”GFP Floresan Protein Filmi” Erin Rod - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması, (CC BY-SA 4.0) 
2. ”CA2 amigo2 eGFP fare” Dudek, Serena tarafından; Curuana, Douglas; Carstens, Kelly - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması, (CC BY-SA 3.0)