Maxam Gilbert ve Sanger Sekanslama Arasındaki Fark

Temel Fark - Maxam Gilbert ve Sanger Sekanslama
 

Nükleotidler DNA'nın temel yapısal birimleri ve yapı taşlarıdır. DNA molekülü bir polinükleotid zincirinden oluşur. DNA'da dört farklı nükleotit bulunur. Bu nükleotidler A (adenin), G (guanin), C (sitozin), T (timin) adı verilen dört farklı azotlu bazdan oluşur. DNA molekülündeki nükleotitlerin sırası, organizmaların büyümesi ve gelişmesi için önemli bir genetik bilgiyi kodladığı için büyük bir öneme sahiptir. DNA dizilimi, DNA'nın kesin nükleotid dizisini belirleyen işlemi ifade eder. Farklı DNA sekanslama yöntemleri vardır. Maxam Gilbert sekanslama ve Sanger DNA sekanslama, birinci nesil sekanslamaya ait iki DNA sekanslama yöntemidir.. Maxam Gilbert sekanslama prosedürü, 5 'uç etiketli DNA fragmanlarını tercihen dört nükleotit ve jel elektroforezinin her birinde kimyasal olarak klivaj ederek baz sekansını belirler. Sanger sekanslama prosedürü, DNA polimeraz ve dideoksinükleotitler ve jel elektroforezi kullanılarak tek sarmallı DNA'yı sentezleyerek nükleotit sekansını belirler.. Maxam Gilbert ve Sanger Sekanslama arasındaki temel fark budur..

İÇİNDEKİLER
1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Maxam Gilbert nedir
3. Sanger Sıralaması Nedir
4. Yan Yana Karşılaştırma - Maxam Gilbert vs Sanger Sekanslama
5. Özet

Maxam Gilbert Sekanslama Nedir?

Maxam Gilbert dizilimi, aynı zamanda kimyasal sıralama yöntemi, DNA'daki nükleotitlerin sırasını belirlemek için geliştirilmiş bir tekniktir. Bu yöntem 1976'da Walter Gilbert ve Alan Maxam tarafından tanıtıldı ve doğrudan saflaştırılmış DNA ile gerçekleştirilebildiği için popüler oldu. Maxam Gilbert yöntemi DNA neslinin ilk nesline aittir ve bilim adamları tarafından yaygın olarak kullanılan ilk dizileme yöntemidir..

Bu yöntemin temel prensibi, uç etiketli DNA fragmanlarının belirli bazlarda tabana spesifik kimyasallar ve koşullar tarafından kısıtlanması ve etiketli fragmanların şekil 01'de gösterildiği gibi elektroforez ile ayrılmasıdır. jel. Parçalar etiketlendiğinden, DNA molekülünün dizisi kolayca çıkarılabilir.

Maxam gilbert yöntemi, DNA'yı belirli bazlarda kırmak için bazı spesifik kimyasallar kullanır. Dimetil sülfat ve hidrazin kimyasalları olarak adlandırılan iki yaygın kimyasal, sırasıyla pürin ve pirimidinlere seçici olarak saldırmak için kullanılır..

Maxam Gilbert sıralama yöntemi aşağıdaki gibi birkaç adımda gerçekleştirilir.

1. Sınırlama endonükleazları kullanılarak DNA sekansının saflaştırılması
2. Radyoaktif fosfatlar eklenerek DNA fragmanlarının uçlarının etiketlenmesi
3. Etiketlenmiş fragmanların etiketlenmemiş fragmanlardan jel elektroforezi ile saflaştırılması
4. Son etiketli DNA'nın dört tüpe ayrılması ve baz spesifik kimyasallarla ayrı ayrı muamele edilmesi
5. Her bir tüpün içeriğinin bir jel üzerinde ayrı çizgiler üzerinde elektroforezi ve uzunluklarına göre parça ayrılması.
6. Otoradyograf ile parçaların tespiti.

Şekil 01: Maxam Gilbert Sekanslama

Sanger Sıralaması Nedir?

Sanger Sekanslama, Frederick Sanger ve meslektaşları tarafından belirli bir DNA parçasının baz sekansını belirlemek için 1977'de geliştirilen bir sekanslama yöntemidir. Olarak da bilinir zincir sonlandırma sırası veya Dideoxy sıralama yöntemi. Bu yöntem, dndGTP, ddCTP, ddATP ve ddTTP gibi zincir sonlandırıcı dideoksinükleotitlerin (ddNTP'ler), tek iplikçikli DNA'nın sentezlenmesi sırasında DNA polimerazı tarafından seçici olarak dahil edilmesi ilkesi üzerinde çalışır. Dideoksinükleotidler, bitişik nükleotid ile fosfodiester bağlarının oluşumu için 3 'OH gruplarına sahip değildir. Dolayısıyla, sandal dizilimi sırasında bir ddNTP yeni oluşan şeride dahil edildiğinde tel oluşumu durur.

Bu yöntemde, bir ddNTP tipi olan dört ayrı tüpte dört ayrı DNA sentezi reaksiyonu (PCR) gerçekleştirilir. Primer, dNTP'ler, Taq polimeraz, spesifik koşullar, vb. Dahil PCR tüpleri için başka gereksinimler de sağlanır. Dört karışımla dört tüpte dört ayrı reaksiyon gerçekleştirilir. PCR reaksiyonlarından sonra, elde edilen DNA parçaları ısı ile denatüre edilir ve jel elektroforezi ile ayrılır. Daha sonra fragmanlar, şekil 02'de gösterildiği gibi etiketli (radyoaktif veya floresan) bir primer veya dNTP'ler kullanılarak görselleştirilir..

Resim 02: Sanger Sıralaması

Maxam Gilbert ve Sanger Sekanslama arasındaki fark nedir?

Maxam Gilbert vs Sanger Sıralaması
Maxam Gilbert sekanslama, DNA sekanslama için geliştirilen ilk tekniktir.	Sanger sıralama yöntemi, Maxam Gilbert sıralama yönteminden sonra tanıtıldı.
kullanım
Bu yöntem nadiren kullanılır.	Sanger sekanslama, sekanslama için rutin olarak kullanılır.
Tehlikeli Kimyasalların Kullanımı
Tehlikeli kimyasallar kullanır.	Tehlikeli kimyasalların kullanımı Maxam Gilbert yöntemine göre sınırlıdır.
Tespit için Etiketleme
Bu yöntem radyoaktif P kullanır32 DNA fragmanlarının uçlarını etiketlemek için.	Sanger sekanslama, radyoaktif veya floresan etiketli ddNTP'ler kullanır.

Özet - Maxam Gilbert vs Sanger Sekanslama

Maxam Gilbert ve Sanger sekanslama, birinci nesil DNA sekanslama altında gelen iki tip DNA sekanslama tekniğidir. Maxam Gilbert sekanslama, 1976'da DNA sekanslama için sunulan ilk yöntemdir ve uç etiketli DNA fragmanlarının tabana spesifik kimyasallar tarafından parçalanmasıyla gerçekleştirilir. Bu nedenle, kimyasal sekanslama olarak bilinir. Sanger sekanslama yöntemi 1977'de tanıtıldı ve ddNTP güdümlü zincir sonlandırma reaksiyonlarına dayanmaktadır. Aşırı zaman tüketimi, tehlikeli kimyasalların kullanımı, vb. Gibi Maxam Gilbert yönteminin çeşitli dezavantajları nedeniyle Maxam Gilbert yönteminden popüler olan sanger sıralama yöntemi Bu Maxam Gilbert ve Sanger sıralama arasındaki farktır..

Referanslar:
1.Maxam, A.M ve Walter Gilbert. “DNA dizileme için yeni bir yöntem.” Ulusal Bilimler Akademisi bildirileri. Ulusal Acad Bilimleri, 9 Aralık 1976. Web. 30 Mart 2017
Heather, James M. ve Benjamin Zinciri. “Dizici dizisi: DNA diziliminin tarihçesi.” Genomik. Academic Press, Ocak 2016. Web. 30 Mart 2017
3Pareek, Chandra Shekhar, Rafal Smoczynski ve Andrzej Tretyn. “Dizileme teknolojileri ve genom dizilemesi.” Uygulamalı Genetik Dergisi. Springer-Verlag, Kasım 2011. Web. 30 Mart 2017

Görünüm inceliği:
1. "Maxam gilbert sekanslama" Birkaç kez Commons Wikimedia üzerinden Wikipedia (CC BY 3.0)
2. “Sanger sıralama” Estevezj tarafından - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması (CC BY-SA 3.0)