Metagenomik ve Metatranscriptomics Arasındaki Fark

temel fark metagenomik ve metatranscriptomics arasındaki her alanda incelenen biyomoleküllerin türüne dayanır. Metagenomik DNA, dizileri ve organizmalardaki davranışlarını incelerken, metatranscriptomics transkripsiyonlu DNA'yı, esas olarak mRNA dizilerini ve organizmalardaki davranışlarını inceler..

Metagenomik ve metatranscriptomics, mikrobiyal topluluğa göre yıllar içinde popülerlik kazanan iki alandır. Sağlık, endüstri ve tarımsal biyoteknolojide önemlidirler. Hem metagenomik hem de metatranscriptomikler, bir topluluktaki bireysel organizmaların ve bunların yararlı veya zararlı olan fonksiyonel rollerinin incelenmesine izin verir.

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Metagenomik Nedir 
3. Metatranscriptomics nedir
4. Metagenomi ve Metatranscriptomics Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Şeklinde Metagenomik ve Metatranscriptomik
6. Özet

Metagenomik Nedir?

Metagenomik, Deoksiribonükleik asidi (DNA) araştıran çalışma alanıdır. En çok mikrobiyal toplulukla ilgilidir. Ayrıca, genomiklere kıyasla daha gelişmiş bir alandır. Genomikte, belirli bir organizmanın DNA'sının analizi gerçekleşir. Bununla birlikte, metagenomik bir organizmalar topluluğu boyunca genetik materyalin analizini içerir. Böylece, bu, bir koşul veya bir çevre ile ilgili bir organizma topluluğunun davranışını incelemeye izin verir..

Şekil 01: Metagenomik

Metagenomik çalışmalarda yer alan ana teknik, mikro dizi teknolojisini kullanan Yeni Nesil Dizileme'dir (NGS). NGS yöntemleri, spesifik DNA sekanslarının varlığı veya yokluğu için tek bir reaksiyonda birden fazla organizmayı analiz edebilir. Bu DNA sekansları, tek bir hastalık durumundan veya çevresel bir durumdan sorumlu olabilir. Böylece, metagenomik bilgi kullanılarak organizmaların taranması kolay ve doğru bir şekilde yapılabilir. NGS sırasında sıralama, kısa okumalarda gerçekleşir ve organizmaların DNA'sının profillenmesi gerçekleşir. 16'lı DNA dizisi, mikroorganizmalarla ilgili metagenomiklerde incelenen popüler bir dizidir.

Organizmalar topluluğunun dizilişini takiben dizilerin hizalanması yapılmalıdır. Hizalama görevini yerine getirmek için Temel Yerel Hizalama Sırası aracı (BLAST) gibi araçlar kullanılmaktadır. Hizalamanın ardından, bir filogenetik ağaç toplumdaki her organizmanın ilişkisini ve davranışıyla ilgili ayrıntıları sağlar.

Metatranscriptomics nedir?

Metatranscriptomics, bir organizmanın transkriptomuyla ilgilenen çalışma alanıdır. Transkriptom, DNA transkripsiyonu sırasında kopyalanan tüm RNA dizilerini oluşturur. Transkriptomda bulunan mRNA dizileri genetik ekspresyon hakkında bilgi sağlar. Metatranscriptomics, popülasyonlar veya topluluklar arasındaki çoklu transkriptomların analizidir.

Şekil 02: Transkriptom Analizi

Metatranscriptomik çalışmalar kısa okuma dizilerinin dizilerini bulmak için mikrodizi teknolojilerini de kullanır. Ayrıca metatranscriptomics, hizalama araçları ve ağaç tasarım yöntemleri kullanılarak kapsamlı bir biyoinformatik analizi de içerir. Bununla birlikte, metatranscriptomics alanı metagenomiklere kıyasla çok daha zordur. MRNA veya RNA'nın bir bütün olarak çıkarılması, göründüğü kadar kolay değildir. RNA yıkıma oldukça yatkın olduğundan ve çok kısa bir yaşam süresine sahip olduğundan, bunların bakımı ve depolanması olası bir sorgu olabilir.

Metagenomik ve Metatranscriptomics Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• Metagenomik ve metatranskriptomikler organizma topluluklarını, özellikle mikrobik toplulukları analiz etmek için yüksek verimli tekniklerdir.
• Her iki teknik de bulguları çıkarmak için mikrodizi teknolojisini kullanır.
• Elde edilen sonuçlar genellikle BLAST hizalaması ve Filogenetik ağaçlar kullanılarak analiz edilir.
• Dahası, her iki teknik de bir organizmaya değil, bir grup veya topluluk organizmasına odaklanır.
• Ayrıca, her iki kavram da çoğunlukla mikroplarla ilgili olarak incelenir - ana nedeni, oynadığı çeşitli rollerdir..

Metagenomik ve Metatranscriptomics Arasındaki Fark Nedir??

Metagenomik ve Metatranscriptomics, bir organizmalar topluluğunda genetik maddenin analizini içerir. Bu nedenle metagenomik DNA'nın kalıpları ve dizileri ile ilgilidir, oysa metatranscriptomics mRNA veya kopyalanan DNA'nın analizini ifade eder. Yani, bu metagenomik ve metatranscriptomics arasındaki temel farktır.

Ayrıca, ekstraksiyon prosedürü her iki teknikte de farklılık gösterir; metagenomikler DNA ekstraksiyon prosedürlerini içerir ve metatranscriptomics RNA ekstraksiyon prosedürlerini içerir. Bu nedenle, bu aynı zamanda metagenomik ve metatranscriptomics arasında önemli bir farktır.

Aşağıdaki infografik metagenomik ve metatranscriptomics arasındaki farkı özetler:

Özet - Metagenomik vs Metatranscriptomics

Metagenomik ve metatranskriptomikler, belirli bir durum için bir organizmalar topluluğunu analiz eden yeni çalışma alanlarıdır. Dolayısıyla metagenomik DNA dizilerinin analizini ifade eder. Bunun aksine, metatranscriptomics, RNA dizilerinin veya kopyalanmış DNA ürünlerinin analizini ifade eder. Bu bağlamda, metatranscriptomics belirli bir vaka için gen ekspresyonunun tanımlanmasını sağlar. Her ikisi de mutasyonları ve etkilerini analiz etmede önemlidir. Bunlar, önceden tanıda kullanılan hızlı ve daha güvenilir tekniklerdir. Dolayısıyla, bu metagenomik ve metatranscriptomics arasındaki farkın özeti.

Referans:

1. Aguiar-Pulido, Vanessa, vd. “Mikrobiyom Analizi İçin Metagenomik, Metatranscriptomik ve Metabolomik Yaklaşımlar.” Evrimsel Biyoinformatik Çevrimiçi, LibertasAcademica, 12 Mayıs 2016, Burada mevcut.

Görünüm inceliği:

1. “pcbi.1002808.g001” Filogeni Figürleri (CC BY 2.0) Flickr ile
2. “Transcriptome fig 3” Danny556 (talk) tarafından - Flickr ile kendi kendine yapılan (C BY-SA 3.0)