Mikroarray ve RNA Dizilimi Arasındaki Fark
Share
Temel Fark - Mikroarray ve RNA Sekanslama
Transkriptom, mRNA, rRNA, tRNA, bozulmuş RNA ve bozulmamış RNA dahil bir hücrede bulunan tüm RNA içeriğini temsil eder. Transkriptomun profillenmesi, hücre kavrayışlarını anlamak için önemli bir süreçtir. Transkriptom profili oluşturma için birkaç gelişmiş yöntem vardır. Mikrodizi ve RNA dizilemesi, transkriptomu analiz etmek için geliştirilmiş iki tip teknolojidir. Mikro dizi ve RNA dizilimi arasındaki temel fark mikro dizi, önceden tasarlanmış etiketlenmiş probların hedef cDNA dizileri ile hibridizasyon potansiyeline dayanırken, RNA dizilimi, NGS gibi gelişmiş dizileme teknikleri ile cDNA ipliklerinin doğrudan dizilimine dayanmaktadır.. Mikro dizi, sekanslar hakkında önceden bilgi ile yapılır ve RNA sekanslama, sekanslar hakkında önceden bilgi olmadan gerçekleştirilir.
İÇİNDEKİLER
1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Mikroarray nedir
3. RNA Sekanslama Nedir
4. Yan Yana Karşılaştırma - Mikroarray vs RNA Sekanslama
5. Özet
Mikroarray nedir?
Mikroarray, bilim adamları tarafından transkriptom profili için kullanılan sağlam, güvenilir ve yüksek verimli bir yöntemdir. Transkript analizi için en popüler yaklaşımdır. Hibridizasyon problarına bağlı düşük maliyetli bir yöntemdir.
Teknik, mRNA'nın numuneden ekstraksiyonu ve cDNA kütüphanesinin toplam RNA'dan oluşturulması ile başlar. Daha sonra katı bir yüzeyde (spot matris) floresan etiketli önceden tasarlanmış problarla karıştırılır. Tamamlayıcı diziler, mikrodizideki etiketli problarla hibridize olur. Daha sonra mikrodizi yıkanır ve elenir ve görüntü ölçülür. Toplanan veriler, bağıl ifade profillerini elde etmek için analiz edilmelidir..
Mikrodizi problarının yoğunluğunun, örnekteki transkriptlerin miktarı ile orantılı olduğu varsayılmaktadır. Bununla birlikte, tekniğin doğruluğu tasarlanmış problara, sekansın ön bilgisine ve probların hibridizasyon için afinitesine bağlıdır. Bu nedenle mikrodizi teknolojisinin sınırlamaları vardır. Mikroarray tekniği düşük bolluk transkriptleri ile gerçekleştirilemez. İzoformları ayırt edemez ve genetik varyantları tanımlayamaz. Bu yöntem probların hibridizasyonuna bağlı olduğundan, mikrodizi tekniğinde çapraz hibridizasyon, spesifik olmayan hibridizasyon vb. Gibi hibridizasyon ile ilgili bazı problemler ortaya çıkar..
Resim 01: Mikrodizi
RNA Sekanslama Nedir?
RNA av tüfeği sıralaması (RNA sıralaması) yakın zamanda geliştirilen bir tam transkriptom sekanslama tekniğidir. Transkriptom profillemenin hızlı ve yüksek verimli bir yöntemidir. Genlerin ekspresyonunu doğrudan nicelendirir ve transkriptomun derinlemesine araştırılmasıyla sonuçlanır. RNA sekansı, önceden tasarlanmış problara veya sekansların ön bilgisine bağlı değildir. Bu nedenle RNA seq yöntemi, yeni genleri ve genetik varyantları tespit etme konusunda yüksek hassasiyet ve kapasiteye sahiptir..
RNA sekanslama yöntemi birkaç adımda gerçekleştirilir. Hücrenin toplam RNA'sı izole edilmeli ve parçalanmalıdır. Daha sonra, ters transkriptaz kullanılarak bir cDNA kütüphanesi hazırlanmalıdır. Her cDNA ipliği adaptörler ile bağlanmalıdır. Daha sonra bağlanan fragmanlar amplifiye edilmeli ve saflaştırılmalıdır. Son olarak bir NGS yöntemi kullanılarak, cDNA'nın sekanslanması gerçekleştirilmelidir.
Resim 02: RNA Dizileme
Mikroarray ve RNA dizilimi arasındaki fark nedir?
Mikroarray ve RNA Sekanslama | |
| Microarray sağlam, güvenilir, yüksek verimli bir yöntemdir. | RNA dizileme doğru ve yüksek verimli bir yöntemdir. |
| Maliyet | |
| Bu düşük maliyetli bir yöntemdir. | Bu pahalı bir yöntem. |
| Çok Sayıda Numunenin Analizi | |
| Bu, çok sayıda örneğin aynı anda analiz edilmesini kolaylaştırır. | Bu, çok sayıda örneğin analizini kolaylaştırır. |
| Veri analizi | |
| Veri analizi karmaşıktır. | Bu yöntemde daha fazla veri üretilir; dolayısıyla süreç daha karmaşıktır. |
| Diziler Hakkında Ön Bilgi | |
| Bu yöntem hibridizasyon problarına dayanmaktadır, bu nedenle gerekli sekansların önceden bilgisi. | Bu yöntem önceki dizi bilgisine bağlı değildir. |
| Yapısal Varyasyonlar ve Yeni Genler | |
| Bu yöntem yapısal varyasyonları ve yeni genleri tespit edemez. | Bu yöntem, gen kaynaştırma, alternatif birleştirme ve yeni genler gibi yapısal varyasyonları tespit edebilir. |
| Duyarlılık | |
| Bu, izoformların ekspresyonundaki farklılıkları tespit edemez, bu nedenle sınırlı bir duyarlılığa sahiptir.. | Bu yüksek hassasiyete sahiptir. |
| Sonuç | |
| Bu sadece göreli ifade seviyelerine yol açabilir. Bu, gen ifadesinin mutlak miktarını vermez. | Mutlak ve göreli ifade seviyeleri verir. |
| Veri Yeniden Analizi | |
| Yeniden analiz etmek için bunun yeniden çalıştırılması gerekiyor. | Sekanslama verileri yeniden analiz edilebilir. |
| Belirli Personel ve Altyapı İhtiyacı | |
| Mikrodiziler için özel altyapı ve personel gerekli değildir. | RNA dizilimi için gereken özel altyapı ve personel. |
| Teknik sorunlar | |
| Mikroarray tekniğinin çapraz hibridizasyon, spesifik olmayan hibridizasyon, bireysel probların sınırlı tespit oranı, vb. Gibi teknik sorunları vardır.. | RNA seq tekniği çapraz hibridizasyon, spesifik olmayan hibridizasyon, münferit probların sınırlı tespit oranı vb. Teknik sorunları önler.. |
| yanlılıklar | |
| Hibridizasyona bağlı olduğu için bu taraflı bir yöntemdir. | Önyargı, mikrodiziye göre düşük. |
Özet - Mikroarray vs RNA Dizileme
Mikroarray ve RNA sekanslama yöntemleri, transkriptom profili oluşturma için geliştirilmiş yüksek verimli platformlardır. Her iki yöntem de gen ekspresyon profilleri ile yüksek derecede korelasyonlu sonuçlar verir. Bununla birlikte, RNA dizilemesi, gen ekspresyon analizi için mikrodiziye göre avantajlara sahiptir. RNA sekanslaması, düşük bolluk transkriptlerinin saptanması için mikrodiziden daha hassas bir yöntemdir. RNA dizilimi ayrıca izoformlar arasındaki farklılaşmayı ve gen varyantlarının tanımlanmasını sağlar. Bununla birlikte, mikrodizilim çoğu araştırmacının ortak tercihi çünkü RNA sıralaması, veri depolama zorlukları ve karmaşık veri analizi ile yeni ve pahalı bir tekniktir.
Referanslar:
Wang, Zhong, Mark Gerstein ve Michael Snyder. “RNA-Seq: transkriptomik için devrim niteliğinde bir araç.” Doğa yorumları. Genetik. ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi, Ocak 2009. Web. 14 Mart 2017
2.Rogler, Charles E., Tatyana Tchaikovskaya, Raquel Norel, Aldo Massimi, Christopher Plescia, Eugeny Rubashevsky, Paul Siebert ve Leslie E. Rogler. “Çeşitli biyolojik numunelerde gen ifadesindeki farklılıkları ölçmek için yüksek verimli bir yöntem olan RNA ekspresyon mikrodizileri (REM'ler).” Nükleik Asit Araştırmaları. Oxford University Press, 01 Ocak 2004. Web. 15 Mart 2017
3.Zhao, Shanrong, Wai-Ping Fung-Leung, Anton Bittner, Karen Ngo ve Xuejun Liu. “Aktive T Hücrelerinin Transkriptom Profillemesinde RNA-Seq ve Mikrodizinin Karşılaştırılması.” BİRİNCİ PLOS. Halk Kütüphanesi, Ocak 2014. Web. 15 Mart 2017
Görünüm inceliği:
1. “Journal.pcbi.1004393.g002” Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) Commons Wikimedia üzerinden
2. “Microarray” Bill Branson (Fotoğrafçı) - Ulusal Kanser Enstitüsü (Kamusal Alan) Commons Wikimedia üzerinden
