Motif ve Alan Adı Arasındaki Fark

temel fark motif ve etki alanı arasında etki alanı bağımsız olarak kararlı iken motif bağımsız olarak sabit değildir.

Proteinler vücudumuzda bulunan önemli biyolojik makromoleküllerdir. Öte yandan, bir genin genetik kodu bir proteinin amino asit dizisine karar verecektir. Ayrıca, proteinler birincil, ikincil ve üçüncül yapılara sahiptir. Birincil yapı, polipeptit zincirinin amino asit dizisidir. Polipeptit zincirleri birbiriyle katlandığında, proteinin ikincil yapısını oluşturur. Alfa sarmalları, beta sayfaları ve süper ikincil yapılar ikincil yapılara aittir. Süper ikincil elementlerin bazı gruplarına protein motifleri denir. Bir proteinin üçüncül yapısı, proteinin işlevine karar veren üç boyutlu yapısını ifade eder. Etki alanı, küresel olan ve ayrı bir işlevi olan bir protein molekülünün katlanmış bir bölümüdür. Proteinin temel fonksiyonel ve üç boyutlu yapısıdır.

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Motif Nedir
3. Alan adı nedir
4. Motif ve Alan Adı Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Şeklinde Motif vs Domain
6. Özet

Motif nedir?

Motif, alfa helisleri ve beta yapıları gibi proteinlerin süper ikincil elementlerinin belirli bir grubudur. Farklı proteinlerde bulunan bir çeşit örüntülerdir. Motifler, ikincil yapısal elemanların katlanma modellerini ve etkileşimlerini açıklar. Bu katlama modelleri, üçüncül yapılarda bulunan benzer bağlantılarla stabilize edilir. Ancak, üçüncül yapılar kadar karmaşık değiller.

Resim 01: Motif

Proteinlerin ikincil yapılarının basit kombinasyonlarıdır. Motif tek başına sabit değildir. Ayrıca, motifler bir proteinin yapısını açıklar ancak bir proteinin işlevini tahmin etmez. Protein motiflerinin örnekleri bir beta-alfa-beta motifi, Yunan anahtar motifi, Beta namlu, Beta-kıvrımlı motif, vb..

Domain Nedir??

Etki alanı, bir proteinin temel, fonksiyonel ve üç boyutlu bir birimidir. Belirli bir işlevi yerine getirir. Tek bir proteinin birkaç farklı alanı olabilir. Her alan bağımsız bir birimdir. Küresel bir yapıdır. Belirli bir işlev veya etkileşimden sorumludur. Etki alanları, karakterize edilmemiş bir proteinin işlevini varsaymak için kullanılabilir. Bir proteini analiz ederken, alanlar proteinin fonksiyonel birimleri olduğu için dikkate alınması gerekir..

Şekil 02: Piruvat Kinazın Üç Farklı Alanı

Etki alanları çok kararlı ve kompakt yapılardır. Diğer bölgelerden kolayca ayırt edilebilirler. Piruvat kinaz, şekil 02'de gösterildiği gibi üç ayırt edici alana sahiptir. Alanın uzunluğu değişebilir ve ortalama uzunluk 100 amino asittir. Her alan ikincil yapısal birimlerden yapılmış bir hidrofobik çekirdek içerir. Birkaç alan toplu olarak bir proteinin üçüncül yapısını yapar.

Motif ve Alan Adı Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• Motif ve domain protein moleküllerinde bulunan birimlerdir.
• Protein ailelerini sınıflandırırken faydalıdırlar.

Motif ve Alan Adı Arasındaki Fark Nedir??

Motif, alfa helisleri ve beta yapıları gibi proteinlerin süper ikincil elementlerinin belirli bir gruplandırması, domain ise bir proteinin fonksiyonel birimidir. Ayrıca, motif ikincil bir yapı iken, alan adı proteinin üçüncül yapısından sorumludur. Dahası, etki alanı bir motifin aksine bağımsız bir birimdir. Ayrıca, etki alanı motif olmasa da bir proteinin işlevini tasvir eder. Bunlar motif ve alan arasındaki temel farklardır. Aşağıdaki infografik, motif ve domain arasındaki farkı tablo biçiminde sunar.

Özet - Motif vs Domain

Motif, protein molekülünün ikincil yapılarının bir düzenlemesidir. Bir alan adından farklı olarak genellikle kendi başına kararlı değildir. Domain, bir proteinin bağımsız olarak stabil bir yapısıdır. Bu nedenle, bir parça veya bütün protein molekülü olabilir. Proteinin üç boyutlu temel fonksiyonel birimidir. Dahası, bir işlevi vardır ve bağımsız bir birimdir. Motif, alan adının bir parçası olabilir. Ancak alan adı bir motifin parçası olamaz. Motif ve alan arasındaki fark budur..

Referans:

1. “Protein Alanı.” Wikipedia, Wikimedia Foundation, 31 Temmuz 2018. Buradan erişebilirsiniz

Görünüm inceliği:

1. ”Şarbon toksin proteini anahtar motifi” NatelewisDerivative çalışması (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedia üzerinden
2. ”Piruvat kinaz protein alanları” Thomas Splettstoesser - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması, (CC BY-SA 3.0)