Nick Çeviri ve Primer Uzantısı Arasındaki Fark

Temel Fark - Nick Translation vs Primer Extension
 

Nick translasyonu ve primer genişleme Moleküler biyolojide iki önemli tekniktir. Nick çevirisi ve primer uzantısı arasındaki temel fark nick çeviri işlemi diğer hibridizasyon teknikleri için etiketli problar üretir süre primer uzatma yöntemi, bir karışımdan spesifik bir RNA sekansını tanımlar ve mRNA'nın ekspresyonu hakkında bilgi verir. Her iki teknik de büyük önem taşımaktadır ve rutin olarak moleküler araştırma laboratuarlarında uygulanmaktadır..

İÇİNDEKİLER
1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Nick 'nun Çevirisi
3. Primer Uzantısı Nedir
4. Yan Yana Karşılaştırma - Nick Translation vs Primer Extension
5. Özet

Nick 'nun Çevirisi?

Nick çevirisi, lekeleme gibi çeşitli moleküler biyolojik teknikler için etiketli problar hazırlamak için kullanılan önemli bir tekniktir, yerinde hibridizasyon, floresan yerinde hibridizasyon vb. laboratuvar ortamında DNA etiketleme yöntemi. DNA probları spesifik DNA veya RNA dizilerini tanımlamak için kullanılır. Etiketli bir prob yardımıyla, spesifik fragmanlar, karmaşık bir nükleik asit karışımından işaretlenebilir veya görselleştirilebilir. Bu nedenle etiketli problar, farklı teknikler için kullanılacak çeşitli teknikler kullanılarak hazırlanır. Nick translasyonu, DNaz 1 ve DNA polimeraz 1 enzimleri yardımıyla etiketli problar üreten böyle bir yöntemdir..

Nick çeviri işlemi DNase 1 enzim aktivitesi ile başlar. DNaz 1, nükleotidler arasındaki fosfodiester bağlarını parçalayarak çift sarmallı DNA'nın fosfat omurgasına nicks sokar. Nick oluşturulduktan sonra nükleotidin serbest 3 'OH grubu verilecek ve DNA polimeraz 1 enzimi üzerinde etkili olacaktır. DNA polimeraz 1'in 5 'ila 3' eksonükleaz aktivitesi, nükleotitleri DNA'dan DNA ipliğinin 3 'yönüne doğru çıkarır. Eşzamanlı olarak, DNA polimeraz 1 enziminin polimeraz aktivitesi çalışır ve çıkarılan nükleotitlerin yerine nükleotitler ekler. Nükleotitler etiketlendiyse, yer değiştirme etiketli nükleotitler tarafından gerçekleşecek ve tanımlanması için DNA'yı işaretleyecektir. Bu yeni sentezlenmiş etiketli DNA, Moleküler Biyolojide çeşitli hibridizasyon reaksiyonlarında prob olarak kullanılabilir.

Şekil 01: Nick çeviri süreci

Primer Uzantısı Nedir?

Primer uzatması, bir RNA karışımından spesifik RNA sekansını bulmak ve mRNA transkriptinin 5 'ucunu bulmak için kullanılan bir tekniktir. RNA ve ekspresyonun yapısını incelemek için de kullanılır. Primer uzatma yöntemi, etiketli primerler veya etiketli nükleotitler ile gerçekleştirilir. Etiketli primerler kullanılırsa, cDNA'nın sentezi için kullanılan nükleotitlerin etiketlenmesi gereğini ortadan kaldırır. Bu teknikte birkaç adım vardır. Numuneden RNA ekstraksiyonu ile başlar. Daha sonra belirli bir RNA sekansının cDNA'sını sentezlemek için gerekli bileşenlerle birlikte karışıma etiketli bir oligonükleotid primeri ilave edilir. Astar, karışımın tamamlayıcı sekansı ile tavlanır. Şablon olarak primer tavlanmış sekans kullanılarak, enzim ters transkriptaz RNA sekansının tamamlayıcı DNA'sını (cDNA) sentezler. Primer tavlama ve ters transkripsiyon, yalnızca numunede spesifik RNA sekansı mevcut olduğunda meydana gelir. Son olarak, denatüre edici jel elektroforezi gerçekleştirildiğinde, RNA sekansının büyüklüğü belirlenebilir. Ayrıca mRNA (transkripsiyon başlatma bölgesi) sekansının +1 bazını primer genişletme yöntemi ile bulmak da kolaydır. Örnekte bulunan mRNA miktarı, fazla primer kullanılırsa bu yöntemle ölçülebilir.

Resim 02: Astar uzatması

Nick Translation ve Primer Extension arasındaki fark nedir?

Nick Translation vs Primer Extension
Nick çevirisi, çeşitli hibridizasyon reaksiyonları için etiketli DNA probları oluşturan bir süreçtir.	Primer ekstansiyon, spesifik RNA'yı bulmak veya gen ekspresyonunu incelemek için kullanılan bir tekniktir.
Kullanılan Enzimler
DNase 1 ve DNA polimeraz enzimleri kullanılır.	Ters transkriptaz enzimi kullanılır.
Önem
Nick çevirisi spesifik DNA dizisinin işaretlenmesini kolaylaştırır.	Primer uzatması, spesifik mRNA dizi boyutunun ve numunede bulunan miktarın saptanmasını sağlar.

Özet - Nick Translation vs Primer Extension

Nick translasyonu, DNase 1'in aktivitelerine dayanarak etiketli probları sentezlemek için kullanılan bir yöntemdir. E coli DNA polimeraz 1 enzimleri. O bir laboratuvar ortamında Farklı hibridizasyon tekniklerinden önce laboratuvarlarda kullanılan yöntem. Nick translasyonu sırasında DNA polimeraz 1'in 5'-3 'eksonükleaz aktivitesi, nükleotitleri nickden önce uzaklaştırır ve DNA polimeraz 1'in polimeraz aktivitesi, çıkarılan nükleotitleri, nickin arkasında etiketlenmiş nükleotitlerle değiştirir. Primer uzatması, bir karışımdan spesifik bir RNA transkriptini tespit etmek ve ilgilenilen RNA'nın boyutunu ve miktarını ölçmek için kullanılan bir yöntemdir. Bu, nick çevirisi ve primer uzantısı arasındaki farktır.

Referanslar
1. Reid, Alex. “Nick Translation.” Springer. N.p., n.d. Ağ. 18 Nisan 2017
2. “Astar Uzantısı.” Ulusal Teşhis. N.p., n.d. Ağ. 19 Nisan 2017
3. Kuo, M. T. ve W. Plunkett. “Metafaz kromozomlarının Nick-çevirisi: kromozomlardaki nükleaz aşırı duyarlı bölgelerin in vitro etiketlenmesi.” Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi bildirileri. ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi, Şubat 1985. Web. 19 Nisan 2017
4. Raymond ve diğ. “MikroRNA'ların ve kısa etkileşen RNA'ların doğrudan izlenmesi için basit, kantitatif primer-uzatma PCR testi.” RNA. Telif Hakkı 2005, RNA Society, Kasım 2005. Web. 19 Nisan 2017

Görünüm inceliği:
1. “Primer Uzatma Deneyi” By Jjnmmnjj - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması (CC BY-SA 3.0)