QTL ve GWAS Arasındaki Fark

temel fark QTL ve GWAS arasındaki analiz, analizde kullanılan sekansların türüne dayanır. QTL, polijenik kalıtımla ilişkili fenotipik özellikleri analiz etmek için bağlantı gen lokuslarını kullanır, GWAS ise belirli bir durumun tek nükleotid polimorfizmlerini analiz etmek için tüm genom dizilerini kullanır.

QTL haritaları ve GWAS farklı özellikler için genetik analizlerde önemli bir rol oynamaktadır. Ayrıca, etiyolojisi bilinmeyen çeşitli hastalık durumlarının analizinde önemlidir. Ek olarak, sekanslama her iki teknikte de önemli bir rol oynar. Bu teknikler, daha fazla doğruluk ve hassasiyet için diğer yüksek verimli tekniklerle de birleştirilebilir.

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. QTL nedir 
3. GWAS nedir
4. QTL ve GWAS Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Şeklinde QTL ve GWAS
6. Özet

QTL nedir?

QTL, Nicel Özellik Odağı. DNA'nın bir fenotipik özellik ile ilişkili bir bölgesidir. Genel olarak, bir QTL poligenik etkilere yol açar. QTL'lerin dağılımı değişir ve QTL sayısı, belirli bir fenotipik özelliğin varyasyon derecesini gösterir. Ayrıca, tipik olarak ayrık olmayan özelliklerin altında yatan sürekli özellikleri kodlarlar.

QTL bölgelerinin tanımlanması üzerine, belirli bir QTL alanını sıralamak önemlidir. Ayrıca, araştırmaları ve araştırmaları kolaylaştırmak için, ortak QTL bölgelerinin sekans verilerinin sıralanması ve depolanması biyoinformatiklerin katılımıyla gerçekleşir. Bu tekniğe QTL eşleme diyoruz. Daha sonra, QTL bölge dizileriyle bir veritabanı oluşturulur.

Şekil 01: QTL Tarama

Ayrıca, QTL sekanslarının uygulamaları, esas olarak sekans benzerliğinin belirlenebildiği BLAST aracına dayanır. Organizmalar arasındaki ilişkilerin çıkarılmasında önemlidir. Ayrıca, belirli bir poligenik fenotipin karmaşıklığının belirlenmesinde önemlidir. Ayrıca belirli bir özelliğin evrimini de belirler..

Günümüzde QTL analizi, DNA mikrodizileri gibi diğer yüksek verimli tekniklerle birleştirilmektedir. Bu fenotipin ekspresyon analizinde önemlidir. Şu anda, bilim adamları QTL veritabanlarını geliştirmekle çok ilgileniyor çünkü QTL bölgeleri farklı türlerin birçok önemli özelliğinden sorumludur.

GWAS nedir?

GWAS kısaltması Genom Geneli Birlik Çalışması. Aynı zamanda bütün genom ilişkilendirme çalışmalarına atıfta bulunur. Bu çalışmalar esas olarak gözlemsel çalışmalara odaklanmaktadır. Genellikle belirli bir özellikle ilişkili farklı bireylerin genetik varyantlarını analiz eder. Ayrıca, tüm genom GWAS analizi için önemlidir.

Resim 02: GWAS

GWAS, çeşitli hastalık durumlarıyla ilişkili tek nükleotid polimorfizmlerinin analizinde önemli bir araçtır. Bu aynı zamanda geniş bir popülasyondaki farklı tek nükleotid polimorfizmlerinin karşılaştırmalı bir çalışmasıdır. Ek olarak, GWAS'ın çalışma örneği çok yüksektir; dolayısıyla, kesitsel bir kohort çalışmasının biçimini de alır..

Ayrıca, ilk GWAS çalışması, miyokard enfarktüsü ve miyokard enfarktüsü ile ilişkili genlerin analizi ile ilgili olarak gerçekleştirilmiştir. Şu anda, GWAS bilinmeyen etiyolojisi olan karmaşık hastalıkların genetik arka planının belirlenmesinde önemli bir rol oynamaktadır.

QTL ve GWAS Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• Analiz için DNA dizileri verilerine güveniyorlar.
• Her ikisi de çeşitli karakterlerin genetik arka planları ile ilişkilidir.
• Ayrıca, sonuçları çıkarmak ve yorumlamak için biyoinformatik araçlara ihtiyaç duyarlar..
• Büyük popülasyonlarda yapılırlar.

QTL ve GWAS Arasındaki Fark Nedir??

QTL, bağlantılı gen lokuslarını kullanarak polijenik kalıtımla ilişkili fenotipik özellikleri analiz ederken, GWAS tüm genom dizilerini kullanarak belirli bir durumun tek nükleotid polimorfizmlerini analiz eder. Dolayısıyla, QTL ve GWAS arasındaki temel fark budur. QTL haritalama, tüm genom dizilimi gerektirdiğinden, GWAS'tan nispeten daha az karmaşık bir tekniktir.

Aşağıdaki infografik, QTL ve GWAS arasındaki farkı tablo halinde özetlemektedir.

Özet - QTL vs GWAS

QTL haritalaması ve GWAS, çeşitli fenotipik özelliklerin genetik arka planının belirlenmesinde önemli bir rol oynamaktadır. Ayrıca farklı hastalıkların genetik arka planını analiz etmeye yardımcı olurlar. QTL eşlemesi, sürekli özelliklerden sorumlu bağlantı genlerini eşler ve ayrıca polijenik kalıtım genlerinin eşlenmesini içerir. Öte yandan GWAS, tek nükleotid polimorfizmleri için tam genom analizi ile gerçekleşir. Ek olarak, bu daha büyük bir popülasyonda gerçekleşir. Dolayısıyla, bu QTL ve GWAS arasındaki farkın özeti.

Referans:

1. Liu, Ruixian ve ark. “Zenginleştirilmiş Yüksek Yoğunluklu SNP İşaretleyiciler Kullanarak Yayla Pamukundaki Lif Kalitesi Özelliklerinin ve Verim Bileşenlerinin GWAS Analizi ve QTL Tanımlaması.” Bitki Biliminde Sınırlar, Frontiers Media S.A., 13 Eylül 2018, Burada mevcut.
2. “GWAS Vs. Qtl Eşleme? ” Son Gönderiler, Burada bulunabilir.

Görünüm inceliği:

1. “PLoS Biyolojisinden Genom Geneli QTL Tarama Örneği” By - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Osteoporozun Kromozom 20p12'ye bağlanması ve BMP2 ile ilişkisi. PLoS Biol 1 (3): Commons Wikimedia üzerinden e69 (CC BY 2.5)
2. “GWAS Hastalığı alel etkileri” Bush WS ve Moore JH - Bush WS, Moore JH (2012) Bölüm 11: Genom Geneli Birlik Çalışmaları. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) Commons Wikimedia üzerinden