RAPD ve RFLP Arasındaki Fark

Temel Fark - RAPD ve RFLP
 

Moleküler Biyolojide, bireyler ve türler arasındaki genetik varyasyonları tanımlamak için genetik markörler kullanılır. Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPD) ve Kısıtlama Parça Uzunluğu Polimorfizmi (RFLP) laboratuvarlarda rutin olarak kullanılan iki önemli moleküler markördür. RAPD, kısa ve keyfi oligonükleotit primerleri ile gerçekleştirilir ve organizmanın şablon DNA'sı boyunca birden fazla yerin rastgele amplifikasyonuna dayanır. RFLP spesifik bir kısıtlama endonükleazı ile gerçekleştirilir ve sonuçta meydana gelen kısıtlama fragmanlarının polimorfizmi ve hibridizasyona dayanır. RAPL ve RFLP arasındaki temel fark RAPD, önceden dizi bilgisi olmadan gerçekleştirilen bir PCR tekniği türüdür buna karşılık RFLP PCR'ye dahil değildir ve tekniği uygulamak için önceden dizi bilgisi gerektirir.

İÇİNDEKİLER
1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. RAPD nedir
3. RFLP nedir
4. Yan Yana Karşılaştırma - RAPD vs RFLP
5. Özet

RAPD nedir?

RAPD, moleküler biyolojide yararlı bir moleküler markördür. Hızlı ve kolay bir tekniktir. RAPD, hedef DNA şablonunun çoklu konumlarının rastgele amplifikasyonu sonucu polimorfik DNA sekansları ile sonuçlanan bir yöntem olarak tanımlanabilir. RAPD, PCR amplifikasyonu için rasgele dizilere sahip kısa oligonükleotid primerleri kullanır. Primerler, önceki dizi bilgisi olmadan yapay olarak sentezlenir. Bu nedenle, kolay ve kullanışlı bir teknik olarak kabul edilir..

RAPD'de aşağıdaki büyük adımlar yer almaktadır.

1. Hedef DNA ekstraksiyonu
2. Rastgele seçilen primerler kullanılarak hedef DNA'nın çoklu konumlarının amplifikasyonu
3. Amplifiye PCR ürünlerinin jel elektroforezi
4. Etidyum bromür ile boyama ve polimorfizmin tanımlanması

Primer tavlamadaki varyasyonun bir sonucu olarak, amplifikasyon sırasında farklı uzunluklarda farklı fragmanlar üretilir. Bu nedenle, jeller üzerindeki bantlama şekilleri bireyler ve türler arasında farklıdır. Böylece RAPD, tanımlama ve farklılaşmada organizmalar arasındaki genetik varyasyonun saptanmasını sağlar.

RAPD, yakından ilişkili türler arasındaki genetik farkın tanımlanması, gen haritalaması, DNA parmak izi, kalıtsal hastalıkların tanımlanması, vb. Gibi çeşitli moleküler biyoloji çalışmalarında uygulanır..

Şekil 01: RAPD

RFLP nedir?

Kısıtlama Fragman Uzunluğu Polimorfizmleri (RFLP'ler), homolog DNA dizilerindeki genetik varyasyonun tanımlanması için moleküler biyolojide kullanılan moleküler bir markördür. DNA parmak izi için geliştirilen ilk genetik markördür. Tüm organizmalar spesifik kısıtlama enzimleriyle kısıtlandığında benzersiz DNA profilleri üretir. RFLP, bireylerin benzersiz DNA profillerinin üretilmesinde ve aralarındaki genetik varyasyonun saptanmasında önemli bir araçtır. DNA örnekleri spesifik kısıtlama endonükleazları ile sindirildiğinde, her bireye özgü farklı DNA profilleri verir. Bu nedenle, bu yöntemin prensibi, homolog DNA'yı spesifik kısıtlama enzimleri ile sınırlandırarak organizmalar arasındaki genetik varyasyonun saptanması ve jel elektroforezi ve kurutma yoluyla fragman uzunluğu polimorfizminin analizidir. Leke desenleri her organizma için benzersizdir ve spesifik genotipleri karakterize eder.

RFLP ile aşağıdaki adımlar söz konusudur.

1. Örneklerden yeterli miktarda DNA izolasyonu
2. Spesifik kısıtlama endonükleazları olan DNA örneklerinin kısa diziye parçalanması
3. Elde edilen fragmanların farklı uzunluklarda agaroz jel elektroforezi ile ayrılması.
4. Güney beneklenerek jel profilinin bir membrana transferi
5. Membranın etiketli problarla hibridizasyonu ve her profildeki fragman uzunluğu polimorfizminin analizi

RFLP, kalıtım hastalıklarının teşhisi, genom haritalaması, adli çalışmalarda ceza tespiti, babalık testi vb. Gibi çeşitli uygulamalara sahiptir..

Resim 02: RFLP genotiplemesi

RAPD ve RFLP arasındaki fark nedir?

RAPD ve RFLP Karşılaştırması
RAPD, rasgele primerler ve PCR'a dayanan moleküler bir markördür.	RFLP, farklı uzunluk kısıtlama parçalarının üretimine dayanan moleküler bir markördür.
Gerekli Örnek
RAPD analizi için küçük DNA örnekleri yeterlidir.	RFLP analizi için büyük miktarda ekstrakte DNA örneği gereklidir.
zaman
RAPD hızlı bir süreçtir.	RFLP zaman alıcı bir süreçtir.
Astar Kullanımı
Rastgele primerler kullanılır ve farklı türler için aynı primerler kullanılabilir.	Türlere özgü problar hibridizasyon için RFLP'de kullanılır.
Güvenilirlik
Tekniğin güvenilirliği RFLP'ye göre daha azdır.	RFLP güvenilir bir tekniktir.
Blot
RAPD güney beneklenmeyi içerir.	Southern blotting, RFLP'nin bir adımıdır.
Alelik Varyasyonun Tespiti
Alelik varyasyonlar RAPD tarafından tespit edilemez.	Alelik varyasyonlar RFLP ile tespit edilebilir.
Dizi Bilgisi İhtiyacı
RAPD önceden dizi bilgisi gerektirmez.	Prob tasarımı için önceki dizi bilgisi gereklidir.
PCR
PCR RAPD ile ilişkilidir	PCR, RFLP ile ilişkili değildir.
Yeniden üretilebilirlik
RAPD düşük tekrarlanabilirliğe sahiptir	RFLP, RAPD'ye kıyasla yüksek bir tekrarlanabilirliğe sahiptir.

Özet - RAPD vs RFLP

RAPD ve RFLP moleküler biyolojide kullanılan önemli belirteçlerdir. Her iki yöntem de organizmalar arasındaki genetik varyasyonu tespit edebilir. RAPD rastgele primerler kullanılarak yapılır. RFLP, spesifik kısıtlama enzimleri kullanılarak gerçekleştirilir. Her iki yöntem de bireysel organizmalara özgü DNA profilleri üretir. RAPD, RFLP'den nispeten daha az adım içerir. Ancak RFLP'den daha az güvenilir ve tekrarlanabilir sonuçlar üretir. RAPD ve RFLP arasındaki temel fark budur..

Referanslar:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang ve M.K. Slocum. “Brassica oleracea L. genotipleri arasındaki genetik benzerliğin belirlenmesinde RAPD ve RFLP genetik belirteçlerinin karşılaştırılması.” ETİKET. Teorik ve uygulamalı genetik. Teorik ve angewandte Genetik. ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi, Mart 1994. Web. 12 Nisan 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey ve Antoni Rafalski. “RFLP, RAPD, AFLP karşılaştırması

Görünüm inceliği:
1. “RFLP genotipleme” By (bilinmiyor) - Commons Wikimedia üzerinden Ulusal Sağlık Enstitüleri (Kamusal Alan)