Dizi Hizalamasında Benzerlik ve Kimlik Arasındaki Fark

temel fark sekans hizalamasındaki benzerlik ve kimlik arasında benzerlik karşılaştırmada iki sekans arasındaki benzerlik (benzerlik) iken, özdeşlik iki farklı sekans arasında tam olarak eşleşen karakter sayısıdır.

Biyoinformatik, temel olarak moleküler biyoloji ve genetik, bilgisayar bilimi, matematik ve istatistik içeren disiplinlerarası bir bilim dalıdır. Dizi hizalaması biyoinformatikte önemli bir terimdir. DNA, RNA veya protein sekanslarının, sekanslar arasındaki fonksiyonel, yapısal veya evrimsel ilişkinin bir sonucu olan benzerlik bölgelerini tanımlamak için düzenlendiği prosedürdür. Hizalamanın sonunda, bunlar bir matris içinde satırlar olarak sunulacaktır. Birbirini izleyen renklerde aynı karakterleri hizalamak için, artıklar arasında eklenen boşluklar bulunur.

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Dizi Hizalamasındaki Benzerlik Nedir
3. Dizi Hizalamasında Kimlik Nedir
4. Dizi Hizalamasında Benzerlik ve Kimlik Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Şeklindeki Sıra Hizalamasında Benzerlik ve Kimlik
6. Özet

Benzerlik Nedir?

Dizi hizalamasındaki benzerlik, karşılaştırıldığında iki dizi arasındaki benzerliktir. Bu gerçek, dizilerin kimliğine bağlıdır. Benzerlik, artıkların ne ölçüde hizalandığını gösterir. Dolayısıyla, benzer diziler benzer özellikler içerir. Biyoinformatikte, benzerlik iki protein arasındaki benzerliği değerlendirmek için bir araçtır.

Şekil 01: Dizi Hizalamasındaki Benzerlik

Hizalama işlemini sıralamak için iki ana adım vardır. İlk adım, BLAST, FastA ve LALIGN gibi algoritmalar kullanarak iki sekans (boşluklar dahil) arasında optimum hizalamayı bulmaya yardımcı olan çift yönlü hizalamadır. Eşleşen algoritma minimum düzenleme işlemi sayısını bulur; bir diziyi diğer diziye hizalamak için dels ve ikameler. Çift yönelimli hizalamadan sonra, her çift yönelimli karşılaştırmadan iki kantitatif parametre elde etmek gerekir. Bunlar kimlik ve benzerliktir.

Kimlik Nedir?

Dizi hizalamasındaki kimlik, iki farklı dizi arasında tam olarak eşleşen karakter sayısıdır. Bu nedenle, kimliği değerlendirirken boşluklar sayılmaz. Ölçümün, iki dizi arasındaki daha kısa dizi ile ilişkili olduğu düşünülmektedir. Dizi kimliğinin geçişli olmadığı etkiyi önemli ölçüde ima eder. X = Y ve Y = Z ise, X mutlaka Z'ye eşit değildir. Bu, kimlik mesafesi ölçüsü açısından çıkarılır..

Resim 02: Dizi Hizalamasında Kimlik

Örneğin, X'in bir AAGGCTT sekansı vardır, Y'nin bir AAGGC sekansı vardır ve Z, bir AAGGCAT sekansı içerir. X ve Y arasındaki kimlik% 100 5 özdeş nükleotit / dak [uzunluk (X), uzunluk (Y)] 'dur. Y ve Z arasındaki kimlik de% 100'dür. Ancak X ve Z arasındaki kimlik sadece% 85'tir (6 özdeş nükleotit / 7).

Dizi Hizalamasında Benzerlik ve Kimlik Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• Hem benzerlik hem de kimlik, sıra hizalamasında kullandığımız iki terimdir.
• Ayrıca, iki dizi arasındaki benzerliği ifade ederler.
• Üstelik bunları yüzde değeri olarak ifade ediyoruz.

Dizi Hizalamasında Benzerlik ve Kimlik Arasındaki Fark Nedir??

Hizadaki benzerlik, iki sekans arasındaki benzerliği gösterirken, sekans hizalamasındaki özdeşlik, iki farklı sekans arasında tam olarak eşleşen karakterlerin miktarını gösterir. Bu nedenle, sıra hizalamasındaki benzerlik ve kimlik arasındaki temel fark budur.

Özet - Dizi Hizalamasında Benzerliğe Karşı Kimlik

Sekans hizalaması, sekanslar arasındaki fonksiyonel, yapısal veya evrimsel ilişki nedeniyle ortaya çıkan DNA, RNA veya proteindeki benzerlik bölgelerinin belirlenmesine yardımcı olur. Bu nedenle, benzerlik ve kimlik, dizi hizalaması bağlamında iki anahtar terimdir. Bu iki terim arasındaki temel fark, benzerliğin, karşılaştırmada iki dizi arasındaki benzerlik, özdeşlik ise iki farklı dizi arasında tam olarak eşleşen karakter sayısı olmasıdır. Dolayısıyla, bu, sıra hizalamasındaki benzerlik ve kimlik arasındaki farkın özeti.

Referans:

1. “Kimlik ve Benzerlik - Nicel Bir Tedbir.” Kimlik ve Benzerlik - Kantitatif Bir Tedbir, burada bulunabilir.
2. “Sıra Hizalama.” Dizi Hizalama - Biyoinformatik.Org Wiki, Buradan edinilebilir.

Görünüm inceliği:

1. “Hizalama tabanlı ve hizalamasız filogeni” Kolekar Pandurang tarafından - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması (CC BY 3.0)
2. “BLAST örnek çıktısı” Fdardel tarafından - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması (CC BY-SA 3.0)