SYBR Green ve Taqman Arasındaki Fark

Temel Fark - SYBR Yeşil - Taqman
 

SYBR Green ve Taqman, gerçek zamanlı PCR'nin amplifikasyon sürecini tespit etmek veya izlemek için kullanılan iki yöntemdir. SYBR Green, araya giren nükleik asit boyama boyasına dayanan bir yöntem iken Taqman hidroliz probuna dayanan bir yöntemdir. Her iki teknoloji de PCR sırasında floresans üretmek üzere tasarlanmıştır, bu da gerçek zamanlı PCR makinesinin reaksiyonu “gerçek zamanlı” olarak izlemesini sağlar. SYBR Yeşil yöntemi, SYBR yeşil adı verilen bir floresan boya kullanılarak gerçekleştirilir ve boyanın üretilen çift sarmallı DNA'ya bağlanmasıyla amplifikasyonu saptar. Taqman çift etiketli problar kullanılarak gerçekleştirilir ve probun Taq polimeraz tarafından bozunması ve floroforun serbest bırakılmasıyla amplifikasyonu tespit eder. Bu SYBR Green ve Taqman arasındaki temel farktır.

İÇİNDEKİLER
1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. SYBR Green nedir
3. Taqman nedir
4. Yan Yana Karşılaştırma - SYBR Green vs Taqman
5. Özet

SYBR Green nedir?

SYBR Green, nükleik asitleri, özellikle Moleküler Biyolojide çift sarmallı DNA'yı boyamak için kullanılan bir floresan boyadır. SYBR Green yöntemi, gerçek zamanlı PCR sırasında PCR ürünlerini ölçmek için kullanılır. DNA ile bağlandığında, ortaya çıkan DNA boya kompleksi mavi ışığı emer ve yoğun yeşil ışık yayar. Çift sarmallı DNA ile bağlandıktan sonra boya molekülünde meydana gelen yapısal değişiklik nedeniyle olur. PCR gittikçe daha fazla DNA oluşturduğunda, daha fazla boya molekülü DNA ile bağlanır ve daha fazla floresans üretir. Bu nedenle, floresan PCR ürün birikimi ile artar. Bu nedenle PCR ürünü miktarı, SYBR Green floresans tespiti ile kantitatif olarak ölçülebilir.

SYBR yeşil boya sitometri ve floresan mikroskopide DNA etiketlemesi için de kullanılabilir. Ethidium bromür, SYBR Green ile başarılı bir şekilde değiştirildi, çünkü Ethidium bromür, jel elektroforezinde DNA görselleştirmesi sırasında bertaraf problemleri olan kanserojen bir boyadır..

SYBR yeşil yönteminin avantajları ve dezavantajları vardır. Bu yöntem çok hassas, ucuz ve kullanımı kolaydır. Bununla birlikte, herhangi bir çift sarmallı DNA'ya bağlanma kabiliyeti nedeniyle, spesifik olmayan bağlanma, PCR ürününün aşırı miktarının ölçülmesine yol açabilir..

Şekil 01: SYBR Yeşil Tekniği

Taqman nedir?

Taqman, gerçek zamanlı PCR işlemini izlemek için SYBR Green'e alternatif bir yöntemdir. Bu yöntem Taq polimeraz enziminin 5 '- 3' ekzonükleaz aktivitesine bağlıdır ve yeni telin uzatılması ve floroforun serbest bırakılması sırasında probların ayrıştırılması. Bu yöntemde çift etiketli problar kullanılır ve probların hidrolizine dayanır. Sondalar, 5 'ucunda bir floresan raportör molekülüne (florofor) ve 3' ucunda bir söndürücü moleküle sahip floresan etiketli DNA oligonükleotitlerdir. Astar tavlarının karşı tarafındaki tek şeritli şablona bağlanacak şekilde tasarlanmıştır. Taq polimeraz, primere nükleotitler ekler ve yeni ipliği çift etiketli problara doğru uzatır. Taq polimeraz probu karşıladığında, Taq polimerazın eksonükleaz etkisi probu aktive eder ve bozar. Yeni ipliğin sentezini tamamladığında, prob tamamen bozulmaya ve floroforu serbest bırakmaya tabi tutulur. Floroforun salınması flüoresans üretir. Floresan Söndürücü molekülü yayılan ışığı etkili bir şekilde söndürür ve PCR ürününün miktarının belirlenmesi için çıktı oluşturur. Floroforların salınımı ve PCR ürünlerinin miktarı orantılıdır. Böylece Taqman metodu ile miktar ölçümü kolayca yapılabilir..

Resim 02: Taqman Yöntemi

Taqman yöntemi, gerçek zamanlı PCR'de, gen ekspresyonunun ölçülmesi, genetik polimorfizmlerin saptanması, kromozomal DNA delesyonlarının ölçülmesi, bakteriyel tanımlama, mikrodizi analizinin doğrulanması, SNP genotiplenmesi vb..

SYBR green ve Taqman arasındaki fark nedir?

SYBR Yeşil - Taqman
SYBR Yeşil DNA bağlayıcı boyaya dayanır.	Taqman, hibridizasyon problarına ve Taq polimerazın 5 'ila 3' eksonükleaz aktivitesine bağlıdır.
Floresan Etiketli Problar
Floresan etiketli prob gerekmez.	Çift etiketli problar gereklidir.
Multipleks Gen Analizi
Mültipleks gen hedefleri için kullanılamaz.	Multipleks gen hedefleri için kullanılabilir.
Maliyet
Bu daha ucuz.	Bu daha pahalı.
Özgünlük
Bu daha az spesifiktir ve herhangi bir çift zincirli DNA ile bağlanır	Problar spesifik amplifikasyon ürünlerini tespit ettiğinden bunlar oldukça spesifiktir.
etki
Bu daha az etkili.	Bu oldukça etkilidir.
Uygulama
Bu gerçek zamanlı PCR, agaroz jel görselleştirme, DNA etiketleme vb..	Bu, gerçek zamanlı PCR'de, gen ekspresyonunun ölçülmesinde, genetik polimorfizmlerin saptanmasında vb..

Özet - SYBR Green ve Taqman

Taqman ve SYBR yeşil, gerçek zamanlı PCR'de (kantitatif PCR) kullanılan iki yöntemdir. Her iki yöntem de PCR ürününün verimli bir şekilde ölçülmesini mümkün kılar ve floresan emisyonuna dayanır. Taqman yönteminde biriken DNA'nın tespiti için çift etiketli problar kullanılırken, SYBR Green yöntemi bir floresan boya kullanır. Her iki yöntem de moleküler biyolojide farklı uygulamalara sahiptir.

Referans:
1. Tacadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour ve Shaghayegh Haghjooy Javanmard. “Dört adenosin reseptör alt tipinin kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyon analizinde SYBR Green ve TaqMan yöntemlerinin karşılaştırılması.” İleri Biyomedikal Araştırma. Medknow Yayınları ve Medya Pvt Ltd, 2014. Web. 13 Mart 2017.
2. “Gerçek zamanlı PCR temel prensipleri.” Gerçek Zamanlı PCR, Kantitatif (qPCR), Primerler ve Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Ağ. 13 Mart 2017.
3. “SYBR Yeşil ve Diğer Gerçek Zamanlı PCR Boyaları.” Biocompare. N.p., 05 Nisan 2010. Web. 14 Mart 2017

Görünüm inceliği:
1. “SYBR yeşil ile PCR” -Ygonaar 23:09, 7 Mart 2006 (UTC) - Ygonaar tarafından Power point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. Kullanıcı tarafından “Taqman”: Braindamaged - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması (Kamusal Alan)