Prokaryotik hücrelerin boyutu tipik olarak 0.2-2.0 mikrometre çapında iken, ökaryotik hücre çapı 10-100 mikrometre arasındadır.
Ökaryotlara `` gerçek çekirdeğe '' sahip oldukları söylenir, çünkü membrana bağlı çekirdekler içerir ve lizozomlar, Golgi kompleksi, endoplazmik retikulum, mitokondri ve kloroplastlar gibi diğer organellerden oluşur, prokaryotlarda nükleer membran veya diğer zarla kaplanmış organeller yoktur.
Prokaryotlarda, flagellum iki protein yapı taşından yapılır; ve hücre duvarı kimyasal olarak karmaşıktır ve peptidoglikandan (amino asitlerin ve şekerin tek bir büyük polimeri) yapılmıştır, ökaryotların flagellumu çoklu mikrotüplerle daha karmaşıktır ve hücre duvarları mevcut olduğunda kimyasal olarak basittirler.
Prokaryotlarda, hücre bölünmesi ikili fisyon yoluyla gerçekleşir ve mayoz bölünmez, ancak konjugasyon yoluyla sadece DNA fragmanlarının transferi gerçekleşir. Ökaryotlarda hücre bölünmesi mitoz yoluyla ve cinsel üreme mayoz yoluyla gerçekleşir.
Ökaryotlarda plazma zarı sterollerden ve karbonhidratlardan oluşur. Sitoplazma hücre iskeletlerinden oluşur ve sitoplazmik akıntı mevcuttur. Ribozomlar daha büyük (80S) ve daha küçük (70S) boyutlarındadır ve kromozomlar çoklu ve histonlarla doğrusal olarak düzenlenmiştir. Ökaryotların DNA'sı prokaryotların DNA'sından çok daha karmaşıktır.
Prokaryotlarda plazma zarı karbonhidrat veya sterol içermez. Sitoplazmada sitosketeton veya sitoplazmik akış yoktur. Ribozomlar daha küçüktür (70S) ve histon içermeyen tek dairesel kromozom ile bulunur.