Temel Eksizyon Onarımı ve Nükleotid Eksizyon Onarımı Arasındaki Fark

Temel Fark - Nükleotid Eksizyon Onarımı vs Baz Eksizyon Onarımı
 

DNA sıklıkla çeşitli iç ve dış faktörlerden kaynaklanan hasarlara maruz kalır. Ancak hücresel onarım sistemleri, mutasyon haline gelmeden veya sonraki nesillere aktarılmadan önce hasarları derhal ve sürekli olarak düzeltir. Hücrelerde üç tip eksizyon onarım sistemi vardır: tek zincirli DNA hasarlarını onarmak için nükleotit eksizyon onarımı (NER), baz eksizyon onarımı (BER) ve DNA uyuşmazlığı onarımı (MMR). Baz eksizyon tamiri ile nükleotit eksizyon tamiri arasındaki temel fark baz eksizyon onarımı, endojen olarak tek nükleotid hasarlarını onarmak için hücrelerde çalışan basit bir onarım sistemidir süre nükleotid eksizyon tamiri, hücrelerde nispeten daha büyük, hasarlı bölgeleri eksojen olarak onarmak için çalışan karmaşık bir onarım sistemidir..

İÇİNDEKİLER
1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Temel Eksizyon Onarımı Nedir
3. Nükleotid Eksizyon Onarımı Nedir?
4. Yan Yana Karşılaştırma - Baz Eksizyon Onarımı vs Nükleotid Eksizyon Onarımı
5. Özet

Temel Eksizyon Onarımı Nedir?

Baz eksizyon onarımı, hücrelerin sahip olduğu DNA onarım sisteminin en basit sürümüdür. DNA'daki küçük hasarları onarmak için kullanılır. DNA bazları deaminasyon veya alkilasyon nedeniyle modifiye edilir. Baz hasarları olduğunda, DNA glikosilaz baz eksizyon onarım sistemini tanır ve aktive eder ve AP endonükleaz, DNA polimeraz ve DNA ligaz enzimleri yardımıyla geri kazanır. BER sistemine aşağıdaki adımlar dahildir.

1. Abasik bir alan oluşturmak için yanlış veya hasarlı bir bazın bir DNA glikosilaz tarafından tanınması ve uzaklaştırılması (baz kaybı -apiürinik veya apirimidinik bölgeler).
2. Apurinik / apirimidinik endonükleaz ile abasik bölge insizyonu
3. Kalan şeker parçasının bir liyaz veya fosfodiesteraz ile giderilmesi
4. Bir DNA polimeraz ile boşluk doldurma
5. DNA'nın bir DNA ligaz ile mühürlenmesi

Şekil 01: Temel eksizyon onarım yolu

Nükleotid Eksizyon Onarımı Nedir??

Nükleotid Eksizyon Onarımı (NER), hücrelerde önemli bir DNA eksizyon onarım sistemidir. 30 baz uzunluğundaki hasarlı bölgeleri onarabilir ve değiştirebilir ve hasarsız şablon şeridi tarafından yönlendirilir. Ultraviyole radyasyon nedeniyle yaygın DNA hasarları meydana gelir ve NER, mutasyon haline gelmeden hemen önce bu hasarları onararak ve gelecek nesillere geçerek veya hastalıklara neden olarak DNA'yı korur. NER spesifik olarak çevresel ve kimyasal karsinojenler gibi eksojen faktörlerin neden olduğu dolaylı mutasyonlara karşı koruma sağlar. NER hemen hemen tüm organizmalarda görülür ve DNA sarmalında önemli bozulmalara neden olan hasarları tanır.

NER işlemi, XPA, XPB, XPC, XPD, XPE, XPF, XPG, CSA, CSB vb. Gibi birçok proteinin eylemini içerir ve birkaç kes ve yapıştır benzeri mekanizmalarla ilerler. Bu proteinler onarım işleminin tamamlanması için gereklidir ve NER proteinlerinden birinde bir kusur hayati öneme sahiptir ve nadir görülen resesif sendromlara neden olabilir: xeroderma pigmentosum (XP), Cockayne sendromu (CS) ve kırılgan saç bozukluğunun ışığa duyarlı formu trikotiyodistrofi (TTD).

Resim 02: Nükleotid Eksizyon Onarımı

Baz Eksizyon Onarımı ve Nükleotid Eksizyon Onarımı arasındaki fark nedir?

Nükleotid Eksizyon Onarımı vs Baz Eksizyon Onarımı
Baz eksizyon onarımı (BER) hücrelerde oluşan bir DNA onarım sistemidir.	Nükleotid eksizyon tamiri (NER), hücrelerde bulunan başka bir DNA onarım sistemidir.
DNA Eklentilerini Tanıma
BER küçük DNA eklentilerine verilen zararı onarır.	NER büyük DNA eklentilerini onarır.
DNA Hasarları
BER, DNA sarmalında önemli bozulmalara neden olmayan hasarları tanır.	NER, DNA sarmalında önemli bozulmalara neden olan hasarları tanır.
DNA Hasarlarının Nedenleri
BER endojen mutajenlerin neden olduğu hasarları onarır.	NER, eksojen mutajenlerin neden olduğu hasarları onarır.
karmaşa
BER en karmaşık onarım sistemidir	BER'den daha karmaşık.
Protein Gereksinimi
BER başka protein gerektirmez.	NER, hasarlı ve hasarsız bölgeleri ayırt etmek için çeşitli gen ürünleri, özellikle proteinler gerektirir.
uygunluk
BER tek temel hasarların düzeltilmesi için uygundur.	NER, hasarlı bölgelerin değiştirilmesi için uygundur.

Özet - Baz Eksizyon Onarımı vs Nükleotid Eksizyon Onarımı

NER ve BER, hücrelerde bulunan iki tip DNA eksizyon onarım işlemidir. BER endojen olarak oluşan küçük hasarları onarabilirken, NER çoğunlukla eksojen kaynaklı 30 baz çifti uzunluğundaki hasar bölgelerini onarabilir. BER, tanınan tip substratlarda ve ilk yarılma olayında NER'den farklıdır. BER ayrıca DNA sarmalındaki önemli bozulmaların neden olmadığı hasarları tanıyabilirken NER, DNA sarmalındaki önemli bozulmaları tanır. Bu, baz eksizyon tamiri ile nükleotit eksizyonu arasındaki farktır.

Görünüm inceliği:
1. “Dna onarım üssü gezisi tr” LadyofHats tarafından - (Public Domain) Commons Wikimedia üzerinden
2. “Uvr proteinleri tarafından kontrol edilen nükleotit eksizyon onarım yolu için modellerin şematik bir temsili” Rihito Morita, Shuhei Nakane, Atsuhiro Shimada, Masao Inoue, Hitoshi Iino, Taisuke Wakamatsu, Kenji Fukui, Noriko Nakagawa, Ryoji Masui ve Seiki Kuramitsu - (CC BY 1.0) Commons Wikimedia üzerinden

Referanslar:
1. Kim, Yun-Jeong ve David M. Wilson. “Temel Eksizyon Onarım Biyokimyasına Genel Bakış.” Güncel moleküler farmakoloji. ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi, Ocak 2012. Web. 14 Mart 2017.
2. Boer, Jan De ve Jan H.J. Hoeijmakers. “Nükleotid eksizyon onarımı ve insan sendromları.” Karsinojenez. Oxford University Press, 01 Mart 2000. Web. 28 Mart 2017
3. Hoogstraten ve diğ. “Global genom nükleotid eksizyon onarım proteini XPC tarafından çok yönlü DNA hasar tespiti.” Hücre Bilimi Dergisi. Biologists Ltd Şirketi, 01 Eylül 2008. Web. 28 Mart 2017