Klon Sıralama ile Klonlama ve Av Tüfeği Sıralama ile Klon Arasındaki Fark

temel fark klon dizilimi ile klon ve av tüfeği dizilimi arasında davranış yöntemleri yatmaktadır. Klon dizileme yöntemi ile klonlama, kromozomların eşlenmesini ve dizilemeden önce klonlamayı içerirken, av tüfeği dizilimi ile klon, dizileme sırasında hem kromozom haritalama hem de klonlama aşamalarını atlar..

Klon dizilimi ile klon ve av tüfeği dizilimi ile klon günümüz genom dizilemesinin iki yöntemidir. Klon sekanslama ile klonlama daha güvenilir bir sekanslama yöntemidir. Bununla birlikte, av tüfeği dizilimi ile klonlama yöntemi daha hızlı ve daha ucuzdur. Makale, klon dizilimi ve tüfek dizilişi ile klon arasındaki ince farka odaklanmaktadır..

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Klon Sıralama ile Klon nedir 
3. Av Tüfeği Dizilimi ile Klon nedir
4. Klon Sıralama ile Klon Arasındaki Benzerlikler ve Av Tüfeği Sıralama
5. Yan Yana Karşılaştırma - Klon Sıralama Klonlama vs Shotgun Sekanslama Tabular Formunda
6. Özet

Klon Dizilişiyle Klon Nedir??

Klon dizilimi ile klon, bir genom dizileme yöntemidir. DNA bölünmeden önce her kromozomun haritalanmasını gerektirir. Haritalamadan sonra, DNA 150 kilobaz uzunluğundaki parçalara bölünmelidir. Bu fragmanlar daha sonra sekanslama için hazırdır. Bir sonraki adım DNA fragmanlarının Bakteriyel Yapay Kromozomlara (BAC'ler) ve daha sonra bakteriyel hücrelere sokulmasıdır. Parçalar şimdi bakteri hücrelerinin içinde olduğundan, bakteriler her bölündüğünde, eklenen DNA parçaları da bölünür ve birçok özdeş kopya üretir. Daha sonra, tek tek bakteriyel klon DNA, 500 baz çifti uzunluğunda fragmanlara bölünür. Daha küçük ve üst üste binen fragmanlardır. Daha sonra sekanslama, bu fragmanların bilinen bir DNA sekansına sahip bir vektöre sokulması ile gerçekleştirilir. Vektörün bilinen sekansından başlayarak, sekanslama bilinmeyen sekansa kadar devam eder.

Sekanslamayı bitirdikten sonra, üst üste binen sekansların alanlarını tanımlamak gerekir. Daha sonra, başlangıçta BAC'lerde sunulan daha büyük fragmanları oluşturmak için fragmanların birleştirilmesi gerçekleşir. Daha sonra, daha büyük fragmanların kromozoma birleştirilmesi genom haritasına göre gerçekleşir.

Şekil 01: Klon Sıralamasına Göre Klonlama

Klon dizilimi ile klonun önemli avantajı, önceden hazırlanmış genom haritasının daha büyük fragmanların güvenilir bir şekilde birleştirilmesine yardımcı olmasıdır. Ancak, bu sekanslama yönteminin dezavantajı, genom haritaları oluşturmak ve klonlar yapmak zaman alıcı olmasıdır. Ancak bu, 'İnsan Genom Projesi' sırasında tercih edilen yöntemdi.

Av Tüfeği Sıralama ile Klon nedir?

Av tüfeği dizilimi ile klon, DNA dizilerini birçok küçük parçaya rasgele ayıran ve çakışan bölgeleri gözlemleyerek diziyi yeniden birleştiren bir dizileme yöntemidir. Daha büyük memeli genomlarının dizisini klonlamak ve birleştirmek zordur. Yapısal karmaşıklık ve boyutlarından kaynaklanmaktadır. Klon dizileme yöntemi ile klon güvenilir olsa da, kompleks organizmaların genomlarını dizmek uzun zaman alır. Bu nedenle, av tüfeği dizilimi ile klon, daha hızlı gerçekleştirilebilen güvenilir ve daha ucuz bir dizileme yöntemi haline gelmiştir. Bu nedenle, günümüz bilim adamları karmaşık genomları çözmek için bu sıralama yöntemine güvenmektedir.

Resim 02: Av Tüfeği Sıralamasına Göre Klonlama

Av tüfeği dizileme yöntemi ile klonlama sırasında geleneksel genom haritalama ve klonlama aşamaları gerçekleşmez. Başlangıçta, tüm genom 20 kilobazdan 300 kilobaza değişen boyutlarda parçalanır. Daha sonra sıralama yapılır. Daha sonra, sofistike bilgisayar yazılımı kullanarak, üst üste binen bölgelere bakarak parçaları birleştirmek gerekir.

Av tüfeği dizilimi ile klonlama, mevcut genom dizilerinin doğruluğunu artırmaya yardımcı olur. Bu yöntemin ana avantajı, klon dizileme yöntemi ile klondan çok daha hızlı ve daha ucuz olmasıdır. Bununla birlikte, bu süreç genetik bir haritanın kullanımını içermez. Bu nedenle, montaj sırasında hataların ortaya çıkması daha olasıdır. Bu nedenle, bu, av tüfeği sıralama yöntemi ile klonda büyük bir dezavantajdır.

Klon Sıralamasına Göre Klon ve Av Tüfeği Sıralaması Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• Hem klon dizilimi ile klon hem de av tüfeği dizilimi iki genom dizileme yöntemidir.
• Her iki sekanslama tekniği sırasında, kesilen parçaların montajı üst üste binen bölgeleri belirleyerek gerçekleşir.
• Ayrıca, DNA'nın daha küçük parçalara ayrılması hem klon hem de av tüfeği sıralaması için gereklidir.

Klon Sekanslama ile Klon ve Av Tüfeği Sekanslama Arasındaki Fark Nedir??

Klon dizileme tekniği ile klon iki ana aşama içerir: kromozomların haritalanması ve klonlama. Buna karşılık, av tüfeği dizilimi ile klon bu iki adımı izlemez; DNA dizilerini birçok küçük parçaya rastgele ayırır ve üst üste binen bölgeleri gözlemleyerek diziyi yeniden birleştirir. Bu nedenle, bu, klon dizilimi ile klon ve av tüfeği dizilimi arasındaki anahtar farktır. Bu faktör nedeniyle, klon dizilimi ile klon pahalı ve zaman alıcı bir işlemken, av tüfeği dizilimi ile klon daha hızlı ve daha ucuzdur.

Bununla birlikte, klonlama sırasında klonlama sırasında montaj sırasında hataların oluşma olasılığı daha düşüktür. Bu nedenle, yüksek güvenilirliğe sahiptir. Bununla birlikte, av tüfeği dizilimi ile klon nispeten daha az güvenilir bir tekniktir. Yani, bu aynı zamanda klon dizilimi ile klon ve av tüfeği dizilimi arasında önemli bir farktır.

Aşağıdaki bilgi grafiği, klon dizilimi ile klon ve av tüfeği dizilimi arasındaki fark hakkında daha fazla bilgi sunar.

Özet - Clone by Clone Sequencing vs Av Tüfeği Sıralama

Klon dizilimi ile klon ve av tüfeği dizilimi arasındaki farkı özetlerken, klon dizilimi ile klon ve av tüfeği dizilimi iki genom dizileme yöntemidir. Bununla birlikte, klon dizileme tekniği ile klon, hem genom haritalama hem de klonlama işlemlerini içerirken, av tüfeği dizilimi ile klonlama içermez. Yani, bu, klon dizilimi ile klon ve av tüfeği dizilimi arasındaki anahtar farktır. Genom eşlemesi, klon dizilimi ile klon sırasında gerçekleştiği için, dizilerin birleştirilmesi sırasında hataların ortaya çıkma olasılığı daha düşüktür. Ancak, av tüfeği dizilimi ile klon çok daha hızlı ve daha ucuz bir işlemdir. Ancak, nispeten daha az güvenilirdir. Klon dizilimi ile klon, 'İnsan Genom Projesi' sırasında tercih edilen dizileme yöntemiydi. Ancak günümüz moleküler biyoloğu, av tüfeği dizilimi ile daha fazla klonlamaya güveniyor.

Referans:

1. “Klonla Klon Dizileme Nedir?” Gerçekler, Wellcome Genome Kampüsünde Halkla İlişkiler Ekibi, 17 Kasım 2014,.
2. “Av Tüfeği Sıralaması Nedir?” Gerçekler, Wellcome Genome Kampüsünde Halkla İlişkiler Ekibi, 17 Kasım 2014,.

Görünüm inceliği:

1. “Moleküler Klonlama Adımları” Alexpicardal97 tarafından - Kendi çalışması, CC BY-SA 4.0) Commons Wikimedia üzerinden
2. “Av tüfeği dizilimi lg” Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü - Ulusal Sağlık Enstitüleri tarafından. Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü. “Genetik Terimler Sözlüğü Sözlüğü”. 17 Kasım 2016 tarihinde (Public Domain) Commons Wikimedia üzerinden erişildi.