Hiyerarşik ve Tüm Genom Av Tüfeği Sıralaması Arasındaki Fark
Share
temel fark hiyerarşik ve bütün genom av tüfeği sıralaması arasında hiyerarşik av tüfeği dizilemesinde, genom dizilemeden önce daha büyük parçalara ayrılırken, bütün genom tüfeği dizilemesinde, tüm genom dizileme için küçük parçalara bölünür.
Dizileme moleküler süreçlerde, özellikle türlerin doğru tanımlanmasında önemli bir tekniktir. Aslında, bir gen veya bir genomdaki nükleotitlerin kesin sırasını tanımlama tekniğidir. Sıralama için birçok teknik vardır. Bunlardan bazıları Maxam Gilbert Yöntemi, Sanger Yöntemi ve otomatik Sanger yöntemidir..
İÇİNDEKİLER
1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Hiyerarşik Av Tüfeği Sıralaması nedir
3. Bütün Genom Av Tüfeği Sıralama nedir
4. Hiyerarşik ve Tüm Genom Av Tüfeği Sıralaması Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Şeklinde Hiyerarşik ve Tam Genom Tüfeği Sıralama
6. Özet
Hiyerarşik Av Tüfeği Sıralaması Nedir?
Hiyerarşik Av Tüfeği dizileme, dizileme yöntemlerinden biridir. Buna 'yukarıdan aşağıya sıralama' da denir. Ayrıca, bu yöntem iki aşamadan oluşur: ilk aşama genom amplifikasyonu ve ikinci aşama genom parçalanmasıdır. Bu yöntemde, genom ilk önce büyük parçalara kesilir. Bunu, bu büyük fragmanların vektörler veya yapay kromozomlar kullanılarak çeşitli konakçılara klonlanması izler. Daha sonra, bu rekombinant vektörler bir kütüphaneye yerleştirilir. Av tüfeği sıralaması sırasında, rekombinant vektör klonları ayrı ayrı sıralamaya tabi tutulur. Klonlardaki fragmanlar, genomun boyutunu daha da küçültmek için kısıtlama sindirimine tabi tutulur, böylece sekanslama yapılır..
Şekil 01: Hiyerarşik Av Tüfeği Sıralaması
Hiyerarşik av tüfeği sıralaması sırasında, büyük parça parçaları av tüfeği sıralamasından önce sırayla düzenlenmelidir. Klonlama işlemi sırasında dahil edilen moleküler belirteçlerin yardımıyla gerçekleşir..
Hiyerarşik av tüfeği dizilemesi, düşük çözünürlüklü bir gen haritası oluşturur. Ancak sıralı bir dizi haritası oluşturur. Bu nedenle, doğrudan dizilime göre daha uzun sürer. Tüm süreç, bir rekombinant vektör kütüphanesinin oluşturulması nedeniyle gecikmektedir. Aynı zamanda emek yoğun bir teknik midir? Ancak, şu anda, teknik işi kolaylaştırmak için otomatiktir.
Bütün Genom Av Tüfeği Sıralaması Nedir?
Tüm genom av tüfeği sekanslama, tek aşamalı bir sekanslama işlemidir. Bu süreçte, önce tüm genom kesimi gerçekleşir. Bunu takiben, bu küçük fragmanların her biri rasgele sekanslamaya tabi tutulur. Sekanslama tamamlandıktan sonra sekans analizi yapılır. Dizi analizi sırasında, üst üste binen diziler çıkarılır ve analiz sıralı bir işlem değildir. Bu nedenle, dizilerin montajı, hiyerarşik av tüfeği dizilemesine kıyasla daha az verimli bir işlemdir. Bununla birlikte, tüm genom av tüfeği dizileme süreci daha hızlıdır ve tüm genomun analizi tek bir örnekte gerçekleştirilebilir.
Hiyerarşik ve Tüm Genom Av Tüfeği Sıralaması Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??
- Hiyerarşik ve bütün genom av tüfeği dizilimi iki dizilim yaklaşımıdır.
- Her ikisi de Sanger sıralamasına veya otomatik Sanger sıralaması yöntemlerine tabi tutulur.
- DNA ve RNA fragmanlarının dizilenmesinde rol alırlar.
- Dahası, her iki yöntem de moleküler teşhis ve araştırma amaçları için önemlidir.
- Şu anda, her iki teknik de otomatik veya bilgisayar tabanlı.
- Her iki teknik de genomun parçalanmasına dayanır.
Hiyerarşik ve Tüm Genom Av Tüfeği Sıralaması Arasındaki Fark Nedir??
Hiyerarşik av tüfeği sıralaması, küçük sıralı fragmanlarla çalışan tüm genom av tüfeği sıralamasına kıyasla daha büyük boyutlu parçalar üretir. Yani, bu hiyerarşik ve bütün genom av tüfeği sıralaması arasındaki temel farktır. Ayrıca, hiyerarşik av tüfeği sıralaması iki ana adımdan oluşurken, tüm genom av tüfeği sıralaması bir büyük adıma dayanmaktadır.
Ayrıca, hiyerarşik ve bütün genom av tüfeği sıralaması arasındaki diğer bir fark, hiyerarşik av tüfeği sıralamasına kıyasla tüm genom av tüfeği sıralamasında çözünürlüğün daha yüksek olmasıdır..
Aşağıdaki infografik, hiyerarşik ve bütün genom tüfek sıralaması arasındaki farkı özetler.
Özet - Hiyerarşik ve Tüm Genom Av Tüfeği Sıralaması
Hiyerarşik ve tüm genom av tüfeği dizilimi, büyük genomları dizilemek için iki tekniktir. Hiyerarşik av tüfeği dizisi, genomun daha büyük parçalara bölündüğü iki aşamalı bir dizilim işlemidir. Buna karşılık, tüm genom av tüfeği sıralaması, genomun küçük parçalara bölündüğü ve doğrudan sıralandığı tek aşamalı bir sekanslamadır. Dolayısıyla, bu hiyerarşik ve bütün genom av tüfeği sıralaması arasındaki temel farktır. Ayrıca, teknik yönler iki teknik arasında değişiklik gösterebilir.
Referans:
1. Waterston, Robert H, vd. “İnsan Genomunun Sıralanması Üzerine.” Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri, Ulusal Bilimler Akademisi, 19 Mart 2002, Buradan erişebilirsiniz.
2. Ahbap, Shital. "Genom Dizileme." LinkedIn SlideShare, 4 Kasım 2014, Burada mevcut.
Görünüm inceliği:
1. “Hiyerarşik av tüfeği sıralamasına karşı bütün genom av tüfeği sıralaması” Commins, J., Toft, C., Fares, M. Biol. Çevrimiçi Prosedürler (2009). Commons Wikimedia üzerinden SpringerImages (CC BY-SA 2.5) aracılığıyla erişildi
