Lekeleme, moleküler biyolojideki spesifik DNA, RNA ve protein dizilerinin karışımlarından saptanması için önemli bir tekniktir. Leke adı verilen bir zar kullanılarak yapılır. Kuzey, güney ve batı kurutma gibi farklı kurutma teknikleri vardır. Spesifik olmayan bağlanma ve yanlış tespitleri önlemek için, kurutma işlemi için uygun bir membranın seçilmesi dikkatle yapılmalıdır. Nitroselüloz, naylon ve PVDF, kurutma tekniklerinde yaygın olarak kullanılan membranlardır. Farklı özellikleri vardır. Nitroselüloz ve naylon membran arasındaki en önemli fark nitroselüloz membranlar yüksek protein immobilizasyon potansiyeline sahiptir buna karşılık naylon membranlar yüksek nükleik asit immobilizasyon potansiyeline sahiptir. Bununla birlikte, her iki membran tipi de kurutma tekniklerinde sıklıkla kullanılır.
İÇİNDEKİLER
1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Nitroselüloz Membran nedir
3. Naylon Membran nedir
4. Yan Yana Karşılaştırma -Nitroselüloz vs Naylon Membran
5. Özet
Nitroselüloz membran, nükleik asit ve protein blotlama tekniklerinde yaygın olarak kullanılan bir membran filtredir. Yüksek protein bağlama potansiyeline sahiptir. Bu nedenle, nitroselüloz membranlar batı kurutma tekniğinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Nitroselüloz membranlar tüm hibridizasyon teknikleriyle uyumludur ve parazitsiz üstün bağlama kapasiteleri gösterir. Nitroselüloz membranlar doğada doğal olarak hidrofiliktir. Moleküller ile hidrofilik etkileşim kurarlar ve bunları membrana etkili bir şekilde sabitlerler. Ticari nitroselüloz membranlar iki gözenek boyutunda mevcuttur: 0.45 ve 0.2 µm.
Şekil 01: Batı beneklenmesinde kullanılan nitroselüloz membran
Naylon membran, kurutma tekniklerinde kullanılan başka bir ticari membran türüdür. Alternatif olarak, güney ve kuzey beneklenmesi için nitroselüloz membranlarla birlikte kullanılır. Naylon membranlar, DNA ile bağlanmaya yüksek afiniteleri nedeniyle güney lekeleme için nitroselülozdan daha idealdir. Naylon zarların birkaç benzersiz özelliği nedeniyle, araştırmacılar genellikle nitroselüloz membran yerine güney ve kuzey lekeleme için naylon membranları kullanırlar. Nitroselülozun aksine, sıyırma ve yeniden işleme için naylon membranlar da önerilir.
Resim 02: Güney beneklenmesi için kullanılan naylon membran
Nitroselüloz ve Naylon Membran | |
Nitroselüloz membranlar kırılgandır. | Naylon membranlar daha az kırılgandır. |
Taşıma | |
Bunları idare etmek zor. | Kullanımı kolaydır. |
problanarak | |
Desteklenmeyen nitroselüloz membranların çoğaltılması zordur. | Naylon membranlarla yeniden kopyalama kolaydır. |
Çeşitli Depolama Koşullarıyla Uyumluluk | |
Nitroselüloz membranlar çeşitli depolama koşullarına dayanmak için daha az mukavemete sahiptir. | Naylon membranlar çeşitli depolama koşullarına daha sağlam tepki verir. |
kullanım | |
Ön ıslatma gerekli. | Naylon membranlar için ön ıslatma gerekli değildir. |
Hidrofilik Doğa | |
Nitroselüloz membranlar doğada hidrofiliktir ancak naylon membranlardan daha az hidrofiliktir. | Doğada oldukça hidrofiliktirler. |
İmmobilizasyon Potansiyeli | |
Nitroselüloz membranlar nükleik asitlere karşı daha az afiniteye sahiptir. Ancak proteinler için yüksek bir afiniteye sahiptir. | Naylon membranlar, nükleik asitlerle nitroselüloz membranlardan daha yüksek bir bağlanma potansiyeline sahiptir.. |
Nitroselüloz ve naylon membranlar, lekeleme tekniğinde jel üzerinde bantlama modelini yeniden üretmek için kullanılan özel tabakalardır. Membran üzerinde sabitlenerek karışımlardan belirli bir dizinin veya bir proteinin tespit edilmesini mümkün kılarlar. Moleküller zar üzerinde hareketsiz hale getirildikten sonra, etiketli problarla hibridizasyon analizi için bir substrat olarak kullanılabilir. Nitroselüloz membran, proteinlerle yüksek bağlanma afinitesi nedeniyle batı lekeleme tekniğinde protein tespiti için yaygın olarak kullanılır. Naylon membranlar genellikle güney ve kuzey beneklenmesinde kullanılır. Bu nitroselüloz ve naylon membran arasındaki farktır.
Referanslar:
1. Hayes, P.C., C.R. Wolf ve J.D. Hayes. “DNA, RNA ve proteinlerin incelenmesi için lekeleme teknikleri.” BMJ: İngiliz Tıp Dergisi. ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi, 14 Ekim 1989. Web. 07 Nisan 2017
2. Mahmood, Tahrin ve Ping-Chang Yang. “Western Blot: Teknik, Teori ve Sorun Giderme.” Kuzey Amerika Tıp Bilimleri Dergisi. Medknow Yayınları ve Medya Pvt Ltd, Eylül 2012. Web. 07 Nisan 2017
Görünüm inceliği:
1. “Western blot transfer” Bensaccount tarafından İngilizce Wikipedia (CC BY 3.0) aracılığıyla Commons Wikimedia