PCR Primerleri ve Sekanslama Primerleri Arasındaki Fark

Temel Fark - PCR Primerleri vs Sıralama Astarlar
 

Moleküler biyoloji alanındaki son gelişmelerle, konunun farklı yollarının araştırma süreçlerini kolay ve doğru hale getiren farklı genetik teknikler geliştirilmiştir. PCR ve diğer sekanslama prosedürleri bu tür iki önemli tekniktir. Farklı alt bileşenler kullanırlar. Primerler, hem PCR hem de Sekanslama tekniklerinde ortak olan ana alt bileşen olarak kabul edilir. PCR primerleri, belirli bir DNA dizisinin amplifikasyonu için kullanılırken,eşitleme primerleri, bir DNA fragmanının, nükleotit sekansının spesifik sırasını ortaya koymak amacıyla sekanslama bağlamında kullanılır.. Bu temel fark PCR primerleri ve sekanslama primerleri arasında.

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. PCR Primerleri nedir
3. Sekanslama Astarları nedir
4. PCR Primerleri ve Sekanslama Primerleri Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - PCR Primerleri ve Tabular Formda Sekanslama Primerleri
6. Özet

PCR Primerleri nedir?

Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), belirli bir DNA segmentinin bir veya birkaç kopyasını çoğaltmak ve milyonlarca aynı kopyayı elde etmek için moleküler biyoloji alanında kullanılan genetik bir tekniktir. PCR reaksiyonunda, primerler dahil farklı bileşenler kullanılır. Primerler, 18-25 nükleotid uzunluğuna sahip kısa DNA zincirleridir, bu da onları amplifiye edilecek DNA fragmanlarının başlangıç ​​ve bitiş bölgesi ile uyumlu hale getirir. Primerler bir ileri primer ve bir ters primer olabilir. Bu primerler, DNA polimerazının lokasyondaki spesifik primere bağlanmasını ve yeni DNA dizisinin sentezini başlatmasını sağlayan spesifik noktalardaki DNA fragmanına bağlanır..

Primerlerin seçimi PCR işleminin önemli bir yönüdür. Astar uzunluğunun seçimi önemlidir. İdeal uzunluk 18-25 nükleotid olacaktır. Uzunluk çok kısa veya çok uzunsa, primerler doğru şekilde amplifiye edilecek DNA sekansına bağlanmaz. Uzunlukları çok kısa olan primerler, DNA sekansının farklı yerlerinde spesifik olmayan primer tavlamaya yol açar.

Şekil 01: PCR Primerleri

İyi bir primerdeki Guanine ve Sitosin (GC) içeriği 40-60 aralığında olmalıdır. Primer tavlama sıcaklığı ve erime sıcaklığı PCR sırasında hayati faktörlerdir. Erime sıcaklığı doğru bir şekilde hesaplanmalı ve astar tavlama sıcaklığı 5 olmalıdır. ⁰C, erime sıcaklığından daha az. Erime sıcaklığı 60 ° C ve 75 ° C olmalıdır. Çok yüksek veya çok düşük sıcaklıklar daha az aktif DNA polimeraz aktivitesine neden olur.

Sekanslama Astarları nedir?

Sekanslama primerleri, bir DNA fragmanını spesifik kimliğini ortaya çıkarmak amacıyla sekanslama bağlamında kullanılır. İyi sıralama sonuçları elde etmek için yüksek kaliteli astarlar ve şablonlar önemlidir. Dolayısıyla, primerler seçildiğinde, dizilim yapmak istediğimiz belirli bir bölgeye özgü olmalıdırlar. Ayrıca sekansların genellikle primerlerin 3 'ila 5' uçlarından üretildiği doğru bir yönelime sahip olmalıdır. Dizide, saç tokası halkalarının oluşumu gibi istenmeyen kendi kendine melezleme olmamalıdır. Ardışık Guanine baz oluşumu içermemelidir.

Astarın erime sıcaklığı (Tm), dizileme koşulları için uygun olmalıdır. Bu nedenle, 52 arasında olmalı^ÖC ve 74^ÖC. Bir primer olarak kullanılacak oligonükleotitlerin hazırlanması, sekansın istenen tam uzunluğunu elde etmek için saflaştırılmalıdır. Oligonükleotitler safsızlıklar içeriyorsa, primer sekansı sinyallemesi farklı primer bölgelerinden üst üste binecek ve ayrıca baz hücre sayısını azaltacaktır..

Resim 02: Sekanslama Primerleri

Bir oligonükleotidin primer erime sıcaklığı (Tm), tamamlayıcı DNA ipliklerinin birbirleriyle ne kadar güçlü melezlendiğini belirler. Tm, hem DNA sekanslarına hem de tuz konsantrasyonu gibi çeşitli koşullara bağlı olduğu bir termodinamik hesaplama olarak düşünülebilir. Tm, bir grup dideoksinükleotid sonlu fragman üretmek için döngü sekansı adı verilen bir varyantın kullanıldığı PCR sırasında önemlidir. Burada, dizilenen primer başlangıçta alternatif olarak tavlanır, sonra genişletilir ve son olarak amplifikasyon için denatüre edilir. Bu nedenle, Tm değeri 52 arasında olmalıdır^ÖC ve 74^Ö C. Sentezlenen oligonükleotitler, isteğe göre DNA / RNA sentez laboratuvarlarından elde edilebilir. DNA sekanslaması için kullanılan küçük sentez ölçeği genellikle 50 nmoldür. Ayrıca en önemlisi, sekanslama için kullanılan primerlerde, kalitenin azalmasını önleyecek safsızlıklardan arındırılmış olması gerekmektedir.

PCR Primerleri ve Sekanslama Primerleri Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• Hem PCR Primerleri hem de Sekanslama Primerleri, hedeflenen bir DNA sekansının amplifikasyon işleminde kullanılan primerlerdir.
• Hem PCR Primerleri hem de Sekanslama Primerleri nükleotitlerden oluşur.
• Hem PCR Primerleri hem de Sekanslama Primerleri kısa oligomerlerdir.

PCR Primerleri ve Sekanslama Primerleri Arasındaki Fark Nedir??

PCR Primerleri ve Sekanslama Primerleri
PCR primerleri, 18-25 nükleotid dizisi uzunluğuna sahip kısa DNA zincirleridir ve bunları, amplifiye edilecek DNA fragmanlarının başlangıç ​​ve bitiş bölgesi ile uyumlu hale getirir.	Sekanslama primerleri, bir DNA fragmanını spesifik kimliğini ortaya çıkarmak amacıyla sekanslama bağlamında kullanılan kısa oligomerlerdir.
fonksiyon
PCR primerleri, belirli bir DNA sekansının amplifikasyonu için kullanılır.	Sekanslama primerleri, bir DNA fragmanını spesifik kimliğini ortaya çıkarmak amacıyla sekanslama bağlamında kullanılır.
Gerekli primer sayısı
İki primer; PCR primerleri olarak bir ileri primer ve bir ters primer kullanılır.	Sekanslama primeri olarak sadece bir primere ihtiyacınız var.

özet - PCR Primerleri vs Sıralama Astarlar

Sekanslama primerleri, bir DNA fragmanını spesifik kimliğini ortaya çıkarmak amacıyla sekanslama bağlamında kullanılır. İşlemi yürütmek için bir sekanslama primeri yeterli olacaktır. İyi sekanslama sonuçları elde etmek için yüksek kaliteli primerler ve şablonlar önemlidir. Dolayısıyla, primerler seçildiğinde, dizilim yapmak istediğimiz belirli bir bölgeye özgü olmalıdırlar. PCR Primerleri, amplifiye edilecek DNA fragmanlarının başlangıç ​​ve bitiş bölgesi ile uyumlu olan, 18-25 nükleotid uzunluğuna sahip kısa DNA zincirleridir. PCR primerleri, bir ileri primer ve ters primer olabilir. İyi bir primerdeki Guanine ve Sitosin (GC) içeriği 40-60 aralığında olmalıdır. Primer tavlama sıcaklığı ve erime sıcaklığı PCR sırasında hayati öneme sahiptir. Bu, PCR primerleri ile Sekanslama primerleri arasındaki farktır.

Referans:

1. “Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR).” Khan Academy. Burada mevcut
2. “Primerlerin sıralanması ve astar tasarımı.” Sekanslama primerleri ve astar tasarımı | Üniversitesi Temel DNA Hizmetleri | Calgary Üniversitesi. Burada mevcut    

Görünüm inceliği:

1.'Primers RevComp'By Zephyris - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması, (CC BY-SA 3.0) 
2.'DNA Sequencin 3 etiketleme yöntemleri 'Abizar (orijinal yükleyici) tarafından İngilizce Wikipedia - Gustavocarra tarafından aktarıldı. (Public Domain) Commons Wikimedia üzerinden