Proteomik ve Transkriptomik Arasındaki Fark

Temel Fark - Proteomik Transkriptomiklere Karşı
 

Omik teknoloji, bir organizmanın farklı biyomoleküllerinin özellikleri ve işlevleri bakımından bir bütün olarak ele alındığı mevcut bir trenddir. Omic teknolojinin geniş bir uygulama yelpazesi vardır. Biyolojik bir örneğin farklı omikleri arasında genomik, proteomik, transkriptomik ve metabolomikler bulunur. Proteomik, canlı bir organizmadaki tüm proteinlerin tam çalışmasını içerir. Bir organizmadaki tüm ifade edilen proteinlerin kümesi, yapısal ve fonksiyonel özellikleri olarak tanımlanır. Bu nedenle, tüm protein seti proteomu oluşturur. Transkriptomik, canlı bir organizmada bulunan tüm haberci RNA (mRNA) moleküllerinin tam bir çalışmasıdır. Dolayısıyla transkriptomik, canlı bir organizmada aktif olarak eksprese edilen genlerle ilgilenir. Canlı bir organizmadaki toplam mRNA kümesine transkriptom denir. temel fark Proteomik ve Transkriptomik arasında biyomolekülün türü temel alınır. Proteomikte, canlı bir organizmadaki toplam ifade edilen proteinler kümesi incelenirken, transkriptomik olarak, canlı bir organizmanın toplam mRNA'sı incelenir..

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Proteomik nedir
3. Transkriptomik Nedir
4. Proteomik ve Transkriptomik Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Şeklinde Proteomik ve Transkriptomik
6. Özet

Proteomik Nedir?

Proteomik terimi 1995 yılında üretildi ve başlangıçta bir hücre, doku veya organizmadaki toplam protein tamamlayıcısı olarak tanımlandı. Proteomik çalışmalardaki ilerlemeyle, daha sonra birçok çalışma alanının dahil edildiği bir şemsiye terim olarak kabul edilecek şekilde değiştirildi. Şu anda proteomik konusu altında proteinlerin yapısı, yönelimi, fonksiyonları, etkileşimleri, modifikasyonları, uygulamaları ve proteinlerin önemi incelenmektedir. Bu nedenle, günümüzde proteomik alanında çok fazla araştırma yapılmaktadır..

İlk proteomik çalışmalar, protein içeriğini tanımlamak için yapıldı. Escherichia coli. Toplam protein içeriğinin haritalanması iki boyutlu (2D) jeller kullanılarak yapıldı. Bunun başarısı üzerine, bilim adamları kobay ve fare gibi hayvanlardaki toplam protein içeriğini karakterize etmeye devam ettiler. Günümüzde, insan protein haritalaması 2D jel elektroforezi kullanılarak yapılır.

Proteomik Uygulamaları

Proteminlerin incelenmesinin birçok avantajı vardır, çünkü proteinler, proteinlerin katalizör özelliklerinden dolayı aktivitenin çoğunun yönetim molekülleridir. Böylece, tüm proteinlerin incelenmesi bir organizmanın sağlık durumu hakkında bilgi sağlayabilir. Bazı uygulamalar;

1. Genom açıklaması: Bir organizmanın protein içeriğini inceleyerek, aktif protein bileşiğinden sorumlu tam genomlar belirlenebilir. Bu senaryoda tüm genomiklerin sonuçları, Transkriptomik ve proteomik önemlidir.
2. Hastalık tanımlama / Teşhis: Proteomik, sağlıklı ve hastalıklıları karşılaştırarak hastalık durumunun tanımlanmasında kullanılır.
3. Yürütmek protein ekspresyonu deney sırasında çalışıldı.
4. Protein modifikasyonları ve etkileşim çalışmaları: Proteinleri nitro koşullar veya ve in vivo ekstrakte edilen proteinlerin saklama koşullarına karar vermek ve proteinlerin laboratuvar ortamında, in vivo ve in - silico yöntemleri.

Resim 01: Proteomik

Proteomik ile ilgili farklı teknikler vardır

1. Toplam proteinin ekstraksiyonu ve 2D jel elektroforezi kullanılarak proteinlerin ayrılması. Proteinler ayrıca Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi (HPLC) kullanılarak ayrılabilir.
2. Ekstrakte edilen proteinlerin Edmund sekanslama yöntemi veya Kütle spektrometrisi gibi yöntemler kullanılarak sekanslanması.
3. Diziler belirlendikten sonra, protein içeriğinin yapısal ve fonksiyonel özellikleri bilgisayar tabanlı yazılım ve biyoinformatik araçları kullanılarak analiz edilir..

Transkriptomik Nedir?

Transkriptom terimi son zamanlarda üretilmiştir. Transkriptomik, bir organizmanın toplam mRNA içeriğinin incelenmesidir. Toplam mRNA, canlı bir organizma veya hücrede eksprese edilen DNA'dır. MRNA'nın bütün koleksiyonuna transkriptom denir.

Transkriptomu analiz etmeye yönelik adımlar şunları içerir:,

1. RNA ekstraksiyonu, poli DT boncukları ile kolon jel kromatografisi kullanılarak mRNA'nın ayrılması.
2. MRNA'nın sekanslanması yapılır.

Mikroarray teknolojisi, bir organizmanın transkriptomunu tanımlamanın yaygın bir yoludur. Mikrodizi tekniği, transkriptomun tamamlayıcı şeritlerine sahip bir prob plakası içerir. Hibridizasyon üzerine, organizmada veya hücrelerde bulunan mRNA karakterize edilebilir.

Şekil 02: Transkriptomik Teknikler

Transkriptomik artık tıp alanında yaygın olarak kullanılmaktadır. Hastalık teşhisi ve hastalık profili Transkriptominin kullanıldığı ana alanlardır. Bir organizmanın bir transkriptomunu analiz ederek, yabancı mRNA tanımlanabilir ve herhangi bir enfeksiyon varsa tanımlanabilir. Kodlamayan RNA, transkriptomik teknolojiler kullanılarak ayrılabilir. Ve ayrıca farklı çevresel stresler altında genlerin ifadesi izlenebilir.

 Proteomik ve Transkriptomik Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• Her ikisi de omik teknoloji kavramının bir parçasını oluşturur.
• Her ikisi de bir organizmanın hastalık teşhisinde ve hastalık karakterizasyonunda kullanılır.
• Her iki çalışma alanı da biyomolekülün ekstraksiyonu, biyomolekülün ayrılması ve sekanslama aşamalarını içermekteydi..

Proteomik ve Transkriptomik Arasındaki Fark Nedir??

Protemikler ve Transkriptomikler
Proteomik, canlı bir organizmadaki tüm proteinlerin tam çalışmasını içerir.	Transkriptomik, canlı bir organizmada bulunan tüm haberci RNA (mRNA) moleküllerinin tam bir çalışmasıdır.
Biyo Molekül Tipi Çalıştı
Proteinler proteomikte incelenir.	mRNA transkriptomide incelenir.
İncelenen Faktörler
Proteomikte proteinlerin yapısı, işlevi, etkileşimleri, modifikasyonları ve uygulamaları incelenir.	Dizi yapısı, çevre ile etkileşimleri ve mRNA uygulamaları transkriptomide incelenir.

Özet - proteomik Transkriptomiklere Karşı 

Omics, yaşam bilimleri alanında önemli bir rol oynamaktadır. Proteomik, bir hücrede veya bir organizmada tam protein koleksiyonlarını oluşturan proteomun çalışmasına atıfta bulunur. Transkriptomik, mRNA formunda eksprese edilmiş DNA'nın tam seti olan transkriptomun çalışmasını ifade eder. İki çalışma alanı, proteomik ve transkriptomik, genomiklerin tanıtılmasından sonra türetilmiş ve şu anda tıbbi teşhislerde ve organizmaların karakterizasyonu ve taranmasında yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu proteomik ve transkriptomik arasındaki farktır.

Proteomik ve Transkriptomik PDF dosyasını indirin

Bu makalenin PDF sürümünü indirebilir ve alıntı notuna göre çevrimdışı amaçlar için kullanabilirsiniz. Lütfen PDF sürümünü buradan indirin: Proteomik ve Transkriptomik Arasındaki Fark

Referans:

1.Horgan, Richard P ve Louise C Kenny. “'Omic' teknolojileri: genomik, transkriptomik, proteomik ve metabolomik.” Kadın Hastalıkları ve Doğum Uzmanı, Blackwell Publishing Inc, 18 Temmuz 2011. Buradan ulaşabilirsiniz  
Graves, Paul R. ve Timothy A.J. Haystead. “Moleküler Biyologların Proteomik Kılavuzu.” Mikrobiyoloji ve Moleküler Biyoloji İncelemeleri, Amerikan Mikrobiyoloji Derneği, Mart 2002. Buradan ulaşabilirsiniz
3. Lowe, Rohan ve diğ. “Transkriptomik teknolojiler.” PLoS Hesaplamalı Biyoloji, Halk Kütüphanesi, Mayıs 2017. Buradan ulaşabilirsiniz  

Görünüm inceliği:

1.'Proteomics'Wxx7441 by English Wikibooks - Commons Wikimedia aracılığıyla en.wikibooks'tan Commons'a aktarıldı.
2. 'Mikrodizilim ve sekanslama akış hücresi' Thomas Shafee tarafından - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması, (CC BY 4.0)