Rastgele Primerler ve Oligo dT Arasındaki Fark

temel fark rastgele primerler ve oligo dT arasında rasgele primer olası tüm hekzamer oligonükleotit sekanslarının bir karışımıdır, oligo dT primeri 12-18 deoksimidinlerin tek iplikçikli bir gerilmesinden oluşur.

Ters transkripsiyon, cDNA'nın mRNA veya herhangi bir RNA türü kullanılarak sentezlenebildiği bir mekanizmadır. CDNA'nın üretilmesi için, özellikle şablon ve primerler olmak üzere, ters transkriptaz enzimi ve diğer gerekli bileşenler temin edilmelidir. Primerler, hedef dizilerin amplifikasyonu için özel olarak tasarlanmış kısa DNA dizileridir. Rastgele primerler ve oligo dT primerleri, ters transkripsiyonda kullanılan iki yaygın primer tipidir. Bu nedenle, rasgele primer veya oligo dT primeri, ters transkriptazın ters transkripsiyonu başlatmak için gereken kısa DNA oligonükleotit dizileridir. RNA şablonuna bağlı olarak, uygun primer bu iki primer tipinden seçilebilir.

İÇİNDEKİLER

1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. Rastgele Astarlar nedir 
3. Oligo dT nedir
4. Rastgele Astarlar ve Oligo dT Arasındaki Benzerlikler
5. Yan Yana Karşılaştırma - Tablo Şeklinde Rastgele Primerler vs Oligo dT
6. Özet

Rastgele Astarlar nedir?

Rastgele primer, olası tüm hekzamer dizilerini temsil eden bir oligonükleotidler karışımıdır. Rastgele primerin primer sekansı 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T veya C'dir. Bu nedenle, tek iplikli DNA veya RNA'nın DNA polimeraz veya ters transkriptaz tarafından amplifikasyonu için rasgele primerler kullanılabilir, sırasıyla. Ayrıca rasgele primer karışımı, cDNA üretmek için RNA'nın tüm bölgelerini amplifiye edebilir. Böylece, çeşitli uzunluklarda cDNA üretir.

Şekil 01: Rastgele Astarlar

En önemlisi, rastgele primer karışımı şablon özgüllüğü göstermez. MRNA ve diğer RNA türlerini ayırt edemez. Ve numunedeki herhangi bir RNA türüyle tavlanır. Bununla birlikte, rasgele primer karışımı, rRNA, tRNA, kodlamayan RNA'lar, küçük RNAlar, prokaryotik mRNA vb., Bozulmuş RNA ve bilinen ikincil yapılara sahip RNA gibi poli (A) kuyrukları olmayan RNA'ların ters transkripsiyonu için uygundur..

Oligo dT nedir?

Oligo dT primeri, 12-18 deoksitiminin (dT) bir streçidir. Primer sekansı 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 olarak temsil edilebilir. Poli (A) kuyruk içeren mRNA'dan cDNA üretimi için kullanılır. Temel olarak, ters transkriptaz tarafından katalize edilen reaksiyon için bir primer görevi görür. Ters transkripsiyon sırasında oligo dT primeri, çoğu ökaryotik mRNA'nın 3 'ucunda bulunan poli-adenilatlı kuyruk ile tavlanır ve işleme başlar.

Resim 02: Oligo dT Primer Kullanarak Ters Transkripsiyon

Rastgele primerin aksine oligo dT primeri, prokaryotik RNA ve microRNA dahil poli (A) kuyrukları olmayan bozulmuş RNA veya RNA için uygun değildir.

Rastgele Astarlar ve Oligo dT Arasındaki Benzerlikler Nelerdir??

• Rastgele primer ve oligo dT primeri, ters transkripsiyonda ve cDNA yapımında kullanılan iki tip primerdir.
• Rastgele primer ve oligo dT primerinin birlikte kullanılması cDNA sentezinin hassasiyetini arttırır.
• Bunlar tek iplikçikli kısa nükleotid dizileridir.

Rastgele Astarlar ve Oligo dT Arasındaki Fark Nedir??

Rastgele primer, rastgele bir diziden oluşan kısa bir oligonükleotid dizisidir. Bu arada oligo dT primeri, 12 ila 18 deoksimidiniden oluşan kısa bir ipliktir. Yani, bu rastgele primerler ve oligo dT arasındaki anahtar farktır. Rastgele primer dizisi 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T veya C'dir. Oysa oligo dT primer dizisi 5'-d'dir (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Bu nedenle, bunu rastgele primerler ve oligo dT arasındaki başka bir fark olarak düşünebiliriz.

Ayrıca, rastgele primerler şablon özgüllüğü göstermez ve herhangi bir RNA türü ile tavlanırken, oligo dT primerleri ökaryotik mRNA'nın poli (A) kuyrukları için özgüllük gösterir.

Aşağıdaki infografik rastgele primerler ve oligo dT arasındaki farkı özetler.

Özet - Random Primers vs Oligo dT

Rastgele primer ve oligo dT primeri, cDNA sentezinde kullanılan iki tip primerdir. Rastgele primer, tüm olası hekzamer sekanslarını temsil eden bir oligonükleotit karışımından oluşur, oligo dT primeri ise 12 ila 18 deoksimidinin tek iplikçikli bir sekansıdır. Yani, bu rastgele primerler ve oligo dT arasındaki anahtar farktır. Ayrıca oligo dT primerleri, poli (A) kuyruğu ile RNA'nın tam uzunlukta ters transkripsiyonu için yararlı olurken, rasgele primerler, bozulmuş RNA, poli (A) kuyrukları olmayan RNA ve RNA içeren RNA dahil çoğu RNA türünün ters transkripsiyonu için faydalıdır. ikincil yapılar. Bu nedenle, rasgele primer şablon özgüllüğü göstermezken oligo dT primeri, ökaryotik mRNA içeren poli (A) kuyruğuna özgüllük gösterir.

Referans:

1. “Ters Transkripsiyon Kurulumu: Thermo Fisher Scientific - ABD.” Transkripsiyon Kurulumu Ters | Thermo Fisher Scientific - ABD, Buradan ulaşabilirsiniz.

Görünüm inceliği:

1. “Primers RevComp” Zephyris tarafından - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması (CC BY-SA 3.0)
2. Lokeshthimmana tarafından “RT PCR Modeli” - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması (CC BY-SA 4.0)