AFLP ve RFLP Arasındaki Fark

Temel Fark - AFLP ve RFLP
 

DNA çalışmaları, filogenetik ilişkilerin anlaşılması ve belirlenmesinde, genetik hastalıkların teşhis edilmesinde ve organizmanın genomlarının haritalanmasında çok büyük bir öneme sahiptir. DNA analizi ile ilişkili çeşitli teknikler, bilinmeyen DNA havuzunda belirli bir genin veya bir DNA sekansının tanımlanması için de kullanılır. Moleküler markerler olarak bilinirler. Kuvvetlendirilmiş Parça Uzunluğu Polimorfizmi (AFLP) ve Kısıtlama Parça Uzunluğu Polimorfizmi (RFLP), organizmalar arasındaki genetik varyasyonu tespit etmek için moleküler biyolojide geliştirilen bu tür iki moleküler markardır (yöntem). Her iki yöntem de eşit derecede önemlidir ve avantajları ve dezavantajları vardır. AFLP ve RFLP arasındaki en önemli fark AFLP, sindirilen DNA'nın seçici PCR amplifikasyonu içerirken RFLP, DNA fragmanlarının seçici PCR amplifikasyonu içermez.

İÇİNDEKİLER
1. Genel Bakış ve Temel Fark
2. AFLP nedir
3. RFLP nedir
4. Yan Yana Karşılaştırma - AFLP vs RFLP
5. Özet

AFLP nedir?

AFLP (Amplifiye Fragman Uzunluğu Polimorfizmi) moleküler biyolojide önemli bir araçtır ve genetik varyasyon analizinde yaygın olarak kullanılmaktadır. AFLP, parçalanmış genomik DNA'nın spesifik PCR amplifikasyonuna ve jel elektroforezi yoluyla otoradyograflarla polimorfizmin saptanmasına dayanır. AFLP, bitkiler, hayvanlar, bakteriler ve mantarlar dahil olmak üzere çeşitli krallıkların suşlarındaki veya yakından ilişkili türlerindeki genetik farklılıkların tanımlanmasına geniş ölçüde katkıda bulunur. AFLP az miktarda bilinmeyen DNA örneği ile gerçekleştirilebilir. Önceden dizi bilgisi ve probların tasarlanmasını gerektirmez.

AFLP Adımları

1. DNA izolasyonu
2. DNA'nın kısıtlama endonükleazları ile sindirimi
3. Kısıtlı DNA fragmanlarının adaptörler ile bağlanması
4. Spesifik kısıtlama alanlarına sahip fragmanların seçici amplifikasyonu
5. PCR ürünlerinin jel elektroforezi ile ayrılması
6. Otoradiograf ile jel matrisinin görüntülenmesi

AFLP, DNA dizileri hakkında önceden bilgi sahibi olmadan mantarlar, bakteriler, bitkiler ve hayvanlar da dahil olmak üzere birçok taksonun DNA profilinde kullanılabilen daha hassas ve tekrarlanabilir bir yöntemdir. Oldukça hassas yapısı nedeniyle popülasyonlardaki bireyler arasındaki küçük farklılıkların belirlenmesine yardımcı olur. AFLP, genom haritalaması, adli çalışmalar, ebeveyn testi, genotipleme vb..

Resim 01: AFLP

RFLP nedir?

Kısıtlama Fragman Uzunluğu Polimorfizmleri (RFLP'ler) homolog DNA dizilerindeki genetik varyasyonları tespit etmek için kullanılan bir tekniktir. DNA profillemesi için geliştirilen ilk yöntemdir. Organizmaların benzersiz DNA parmak izleri veya DNA profilleri vardır. RFLP, türler arası veya yakından ilişkili organizmaların DNA profilleri arasındaki değişimi analiz etmek için önemli bir araç görevi görür, çünkü homolog sekanslar, belirli bir organizmaya özgü farklı kısıtlama bölgelerine (konumlara) sahiptir. Homolog DNA spesifik kısıtlama endonükleazları ile sindirildiğinde, her bireye özgü farklı DNA profilleri ile sonuçlanacaktır. Bu nedenle, bu yöntemin prensibi, homolog DNA'yı spesifik kısıtlama enzimleri ile sınırlandırarak organizmalar arasındaki genetik varyasyonun saptanması ve jel elektroforezi ve kurutma yoluyla fragman uzunluğu polimorfizminin analizidir. Leke desenleri her organizma için benzersizdir ve spesifik genotipleri karakterize eder.

RFLP Adımları

1. Örneklerden yeterli miktarda DNA izolasyonu
2. Spesifik kısıtlama endonükleazları olan DNA örneklerinin kısa diziye parçalanması
3. Elde edilen fragmanların farklı uzunluklarda agaroz jel elektroforezi ile ayrılması.
4. Güney beneklenerek jel profilinin bir membrana transferi

5. Membranın etiketli problarla hibridizasyonu ve her profildeki fragman uzunluğu polimorfizminin analizi

RFLP, hastalık kalıtımını saptamada ve aile üyeleri arasında hastalığın ortaya çıkma riskini bulmada çok önemli bir tekniktir. RFLP aynı zamanda genom haritalamasında, adli tıpta suçluların tespitinde, babalık testlerinde vb. Sıkça kullanılmaktadır. RFLP'nin de bazı sınırlamaları vardır. RFLP, hibridizasyon için probları tasarlamak için dizi verilerinin önceden bilinmesini gerektirir. Ayrıca adli araştırmalarda zor olan analiz için numuneden yeterli miktarda DNA izolasyonu gerektirir..

Şekil 01: RRFLP eşlemesi

AFLP ve RFLP arasındaki fark nedir?

ALFP ve RFLP Karşılaştırması
AFLP, sindirilen DNA'nın seçici PCR amplifikasyonunu içerir.	RFLP, PCR-RFLP olmadığı sürece PCR içermez.
Dizi Bilgisi
Önceki dizi bilgisi gerekli değildir.	Tasarlanmış RFLP probları için önceki dizi bilgisi gereklidir.
Güvenilirlik
Bu daha güvenilir.	AFLP'ye kıyasla daha az güvenilir.
Polimorfizmi Saptamada Verimlilik
Bu, polimorfizmi saptamada RFLP'den daha yüksek bir verimliliğe sahiptir..	Bu AFLP'ye göre daha az verimlidir.
Maliyet
Bu RFLP'ye göre biraz pahalı.	Bu AFLP'ye göre daha ucuzdur.
Uygulamalar
AFLP'ler genom haritalaması, DNA parmak izi, genetik çeşitlilik çalışmaları, babalık testi ve adli tıp uygulamalarına uygulanmıştır.	RFLP analizi, genom haritalaması, genetik bozukluklar için genlerin lokalizasyonu, hastalık riskinin belirlenmesi ve babalık testinde önemli bir araçtır.

Özet - AFLP vs RFLP

AFLP ve RFLP, çeşitliliğin değerlendirilmesi ve moleküler biyolojideki genetik ilişkilerin değerlendirilmesi için genetik belirteçler olarak kullanılan iki tekniktir. AFLP, organizmalar arasındaki RFLP'den genetik polimorfizmin tespiti için etkili ve hassas bir yöntem olarak hizmet eder. Bununla birlikte, her iki yöntem de genetik varyasyonları tespit etmede farklı verimliliklere sahip olsa da, yine de DNA parmak izi ve hastalık teşhisi için kullanılmaktadır..

Referans:
'1. Garcia, Antonio A.F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. ve Anete P. De Souza. "Tropikal mısır inbred hatlarındaki çeşitlilik çalışmaları için RAPD, RFLP, AFLP ve SSR belirteçlerinin karşılaştırılması." Genetik ve Moleküler Biyoloji. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 Mart 2017
2. “Kısıtlama Fragman Uzunluğu Polimorfizmi (RFLP).” Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi. ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi, n.d. Ağ. 19 Mart 2017
3. Masiga D.K. ve Turner C.M. (2004). “Amplifiye (kısıtlama) fragman uzunluğu polimorfizmi (AFLP) analizi”. Yöntemler Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Ağ. 19 Mart 2017

Görünüm inceliği:
1. “ALFP” Barbarossa tarafından Dutch Wikipedia - nl.wikipedia'dan Commons'a aktarıldı. (Kamusal Alan) Commons Wikimedia üzerinden
2. Retama tarafından “RFLP haritalama” - Commons Wikimedia üzerinden kendi çalışması (GFDL)